消化性溃疡是常见的疾病，其中以胃溃疡、十二指肠溃疡最多见。临床医生应该认真诊断，与下列疾病小心鉴别：
一、功能性消化不良（非溃疡性消化不良NUD）
功能性消化不良是指有消化不良症状而无溃疡或其它器质性疾病如慢性胃炎，十二指肠炎或胆道疾病者。此症颇常见，多见于年轻妇女。有时症状酷似十二指肠溃疡但X线及胃镜检查却无溃疡发现。可有胃肌张力减退，表现为餐后上腹饱胀不适，嗳气、反酸、恶心和无食欲，服用制酸剂不能缓解，但服用胃复安或吗丁啉后可获改善。患者常有神经官能症表现，诸如焦虑失眠、神经紧张、情绪低落、忧郁等，也可伴有肠道易激综合症，表现为结肠痉挛性腹痛或无痛性腹泻，心理治疗或镇静安定剂有时奏效。
二、钩虫病
钩虫可引起十二指肠炎，发生出血，甚至出现黑粪，症状可酷似消化性溃疡。胃镜检查在十二指肠可见到寄生的钩虫和出血点。凡来自农村而有消化不良症候者，应常规作粪检寻找钩虫卵，驱虫治疗有效，可与十二指肠溃疡鉴别。
三、胃癌
胃溃疡与溃疡型胃癌之区别极为重要，但有时比较困难。一些溃疡型胃癌在早期，其形态和临床表现可酷似良性溃疡，甚至治疗后可暂愈合（假愈），故有主张对所有胃溃疡患者都应进行胃镜检查，在溃疡边缘作多点活检，明确溃疡的性质。
四、胃泌素瘤
亦称Zolinger-Ellison综合征，是胰腺非β细胞瘤分泌大量胃泌素所致，特点是高胃泌素血症，高胃酸分泌，和多发性、难治性消化性溃疡。肿瘤往往很小（《1cm）生长慢，半数恶性。因胃泌素过度刺激而使壁细胞增生，分泌大量胃酸，使上消化道包括空肠上段经常浴于高酸环境，导致多发性溃疡，以位于不典型部位（球后十二指肠降段和横段甚或空肠远段）为其特点。此种溃疡非常难治，常规胃手术后多见复发，且易并发出血，穿孔和梗阻。约1/4-1/3病例伴腹泻。诊断要点是：①基础胃酸分泌过度，常》15mmol/h，BAO/MAO60%;②X线检查常示非典型位置的溃疡。特别是多发性溃疡。伴胃内大量胃液和增粗的胃粘膜皱襞;③难治性溃疡，常规胃手术不奏效，术后易复发;④伴腹泻;⑤血清胃泌素》500ng/L（正常《100ng/L）。最近报道用H2-受体拮抗剂有效，但疗效不巩固，常须切除肿瘤或作全胃切除术。
五、 慢性胃、十二指肠炎
常有慢性无规律性上腹痛，胃镜检查示慢性胃窦炎和十二指肠球炎但无溃疡，是主要的诊断和鉴别手段。
六、胃粘膜脱垂症
本症可有上腹痛，由于脱垂间歇出现症状亦可呈间歇性。一般上腹疼痛并无溃疡的节律性或夜间痛，制酸剂不能缓解，但可因体位（左侧卧位或床脚抬高）所缓解。诊断主要依靠X线钡餐检查示十二指肠球部有“蕈样”或“伞状”缺损阴影。
七、胆囊炎及胆石症
本病中年女性较多见，也可引起慢性、复发性上腹痛，有时误诊为消化性溃疡。疼痛一般缺乏溃疡的节律性，往往因进食而发作，如有典型胆绞痛，Murphy征阳性，急性发作时常有发热及黄疸，胆囊造影，B超及ERCP（内镜逆行胆胰管造影）检查可以确诊。
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