祖国医学对肛瘘的分类较多，有不少形象描述。如《外科大成·下部后》中说：“漏有八：肾俞漏，生肾俞穴。瓜穰漏，形如出水西瓜穰之类。肾囊漏，漏管通于囊也。缠肠漏，为其管盘绕于肛门也。屈曲漏，为其管曲屈不直，难以下药至底也。窜臀漏、蜂窝漏，二症若皮硬色黑，必内有重管，虽以挂线，依次穿治，未免为多事。通肠瘘，惟以此漏用挂线易于除根。”
现在肛瘘分类亦多，有按病因、病理分类，有按内外口的位置及侵犯组织的程度分类。
一、按内外口分类
1. 单口内瘘：又称为内盲瘘，只有内口与瘘管相通连，无外口。
2. 内外瘘：瘘管有内外口，外口在体表，内口在肛窦，下有瘘管相通连。此种肛瘘最为多见。
3. 单口外瘘：又称为外盲瘘，只存外口下连瘘管，无内口。此种肛瘘临床上较少见。
4. 全外瘘：瘘管有两个以上外口相互有管道通连，而无内口，此种肛瘘临床上较少见。
二、Parks分类法：按瘘管与括约肌的关系，将肛瘘分为四类：
1. 括约肌间肛瘘 （低位肛瘘），为最常见，约占70%，是肛管周围脓肿的后遗症。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，为3-5厘米。
2. 经括约肌肛瘘（低位或高位肛瘘）， 约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后遗症。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有枝管互相沟通，外口距肛缘较远，约 5厘米。
3. 括约肌上肛瘘（高位肛瘘） ，占 5%。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝而穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难。
4. 括约肌外肛瘘（呶桓仞?？，占 1%，为骨盆直肠间隙脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌，直接与直肠相通。这种肛瘘常为克隆氏病、肠癌或外伤所致。
三、按瘘管形态分类：1.直瘘;2.弯曲瘘;3.前后蹄铁形肛瘘。
四、按肛瘘的病因和病理性质分类：可分为非特异性肛瘘（即化脓性肛瘘）和特异性肛瘘二类。在特异性肛瘘中，又可进一步分为：结核性肛瘘、梅毒性肛瘘和放线菌性肛瘘三种。
五、全国肛肠外科会议（1975）统一标准分类法：以外括约肌深部划线为标志，瘘管经过此线以上为高位，在此线以下为低位，这在国内已普遍采用。
1. 低位单纯性肛瘘：只有一个瘘管，并通过外括约肌深部以下，内口在肛窦附近。
2. 低位复杂性肛瘘：瘘管在外括约肌深部以下，外口和瘘道有二个以上者，内口在肛窦部位（包括多发性瘘）。
3. 高位单纯性肛瘘：仅有一个瘘道，瘘管穿过括约肌深部以上，内口位于肛窦部位。
4. 高位复杂性肛瘘：有二个以上外口及瘘管有分支，其主管通过外括约肌深部以上，有一个或两个以上内口。
