消化性溃疡病的诊断一旦确定，准确、合理地选择抗消化性溃疡药物就成为关键。科学、合理用药对于保证治疗效果，缩短疗程，减少病人痛苦，防止并发症的发生和复发都有着极其重要的作用。
根据溃疡的类型选药。近年来，随着对发病机理的深入研究认为，胃溃疡的发生是由于胃粘膜屏障减弱占主要地位，因此，在选药时应以保护胃粘膜屏障的药为主，如硫糖铝、果胶铋、麦滋林—S等，若胃酸偏高可辅以降低胃酸的药；因为十二指肠溃疡是以胃酸和胃蛋白酶增高起主导作用，选药时应以抑酸剂为主，辅以粘膜保护药，这样能迅速消除症状促进愈合。
测定胃酸分泌情况选药。一般来说，十二指肠溃疡胃酸高，而胃溃疡胃酸正常或偏高，但也有个体差异。因此，在治疗前最好做一次胃液分析，这样用药就更有针对性。治疗高胃酸患者应选用抑酸作用强的药，对于从未用过抑酸药的患者可首选雷尼替丁或法莫替丁，如疗效不好可选用抑酸作用更强的洛赛克，如胃酸正常者，不可滥用抑酸剂，以免引起胃内菌群失调，霉菌‘乘虚而入’造成麻烦。
清除幽菌，慎用铋剂。研究资料表明，幽门螺杆菌是影响溃疡愈合和导致复发的重要因素。因此，凡是患消化性溃疡的患者都应做幽门螺杆菌的检查。尤其下述情况更应积极考虑幽门螺杆菌的感染：一、经抑酸剂正规治疗无效的消化性溃疡。二、经常复发的消化性溃疡。三、溃疡已愈合，但仍有症状者。四、十二指肠球部溃疡伴有明显活动性胃窦炎的患者。如幽菌为阳性，可采用三联疗法如（洛赛克、阿莫西林、甲硝唑或德诺、阿莫西林、甲硝唑），其中德诺连续服用不可超过六周。因此药属于铋剂，长期服用有细胞毒性和神经毒性，可引起头痛、关节痛，肝病和肾病。
根据病情，选择用药。难治性、顽固性十二指肠溃疡应首选洛赛克，待溃疡愈合后再用其它药物进行维持治疗。胃溃疡合并十二指肠返流时，可同时并用胃复安，以增加胃蠕动，促进胃排空。消化性溃疡伴有便秘者可并用具有缓泻作用的抗酸剂，如复方氧化镁散、胃必治等。消化性溃疡伴有腹泻者应并用具有收敛作用的抗酸剂如氢氧化铝、胃舒平、果胶铋等。
注意用药禁忌，防止毒副作用。胃溃疡不宜用抗胆碱能药物，因该类药物能促使胃张力低下，胃窦部潴留，从而使胃泌素分泌增加。肾功能障碍患者不可服用含镁抗酸剂，以免因高镁血症产生中枢神经系统和心脏的毒性效应。对于老年病人等于‘雪上加霜’。抗胆碱能药可使青光眼、前列腺梗阻、反流性食管炎加重，因此对具有上述疾病的患者，慎用该类药。
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