幽门螺杆菌与消化性溃疡的形成与复发密切相关，所以对X线或胃镜检查诊断明确的十二指肠溃疡或胃溃疡患者，首先要区分幽门螺杆菌感染阳性抑或阴性。 如果阳性，应给制酸剂同时加抗菌治疗，或给粘膜防护剂加抗菌药物。制酸剂可用H2受体拮抗剂或质子泵阻滞剂，在十二指肠溃疡疗程为4～6周，在胃溃疡疗程 适当延长至8～12周，应按溃疡愈合与否为准绳。制酸剂也可用粘膜防护剂来替代。抗菌药物应联合用药，小剂量短疗程以减少耐药的发生及副作用。
对幽门螺杆菌阴性的患者，按常规治疗，疗程可按溃疡的愈合情况适当缩短或延长。至于是否应服维持量长期治疗，应视复发的情况来决定，反复发作者应长期给服维持量，疗程至少1年，也可更长。
目前，学者们推崇三联疗法治疗幽门螺旋杆菌阳性者的消化性溃疡，即三种抗酸、抗HP药物相互搭配同时服用。最常用的三联疗法如下：
药物组合：
(1)洛赛克20毫克(1粒)+阿莫西林750毫克(3粒，每粒含250毫克)+甲硝唑400毫克(2片，每片含200毫克)。
(2)洛赛克20毫克+红霉素500毫克(4片，每片含125毫克)+甲硝唑400毫克。
(3)洛赛克20毫克+阿莫西林750毫克+红霉素500毫克。
用法：
任选上述一组药物服用，每种药物按以上剂量一日服2次(上下午各1次)，7—14日为一疗程。一疗程结束后，要再继续单独服用洛赛克2周，剂量和服法同前。
进行三联疗法时，应注意药物(特别是抗HP药物)的毒副反应，如甲硝唑可发生恶心和毛刺舌；阿莫西林、红霉素可出现腹泻、恶心、舌炎、过敏性荨麻疹、皮疹和药物热等，故应在医生指导和监视下用药。
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