有许多种甲状腺激素制剂提供替代治疗，包括T4 (左旋甲状腺素)，3碘甲腺原氨酸(Liothyronine，碘塞罗宁)，两种激素的混合制剂和动物甲状腺干粉。人工合成T 4 (左旋甲状腺素)更好，平均维持剂量75~125μg/d口服，但开始剂量必须要低，特别是老年伴有心脏病病人和长期严重甲状腺功能减退病人(除非是粘液性水肿昏迷)。吸收相当稳定，约为剂量的70%。T3 产生自外周组织。一般老年人维持剂量可以减少，孕妇增多。如同时服用减少T4 吸收或增加胆汁中排泄中的药物，则剂量同样需增加。婴儿和幼小儿童剂量见第269节甲状腺功能减退。最适当剂量应是恢复TSH至正常的最小剂量(虽然这一标准不适用于继发性甲状腺功能减退)。
T 3 (碘塞罗宁)不宜用于长期单独替代治疗，因为半寿期短，需每日2次服用。给予标准T3 替代剂量(25~50μg/d)，2~4小时内致使迅速增加血清T3 浓 度达300~1000ng/dl(4。62~15。4nmol/L)，因为其吸收近乎完全，经24小时恢复正常。所以在估计接受这种方案病人的T3 水平时，医生要知道激素服用时间。此外，T3 治疗的病人，至少1天中有数小时呈化学性甲亢状态，因此病人可能处于较大心脏危险。
类似血清T3 水平见于服用T3 和T4 混合制剂口服，虽然因为T3 剂量较少，T 3 峰值略低。用合成T4 替代治疗，反应出不同类型的血清T3 。服用足够量T4 ， 血清T3 逐渐增加，维持正常水平。动物甲状腺干粉制剂含有不恒定量T3 和T4 ， 不应该使用，除非病人数年应用过程中情况良好。
粘液性水肿昏迷，开始需用大剂量T4 (200~500μg静脉给予)或T3 (40μg/d静脉给予)。维持量T4 50~100μg/d静脉给予或T3 10~20μg/d静脉给予，直至可以口服T4 。由于中枢性甲减一开始不能排除，所以同样需给予皮质类固醇。不应将病人体温迅速恢复正常，以致威胁心律紊乱。低氧血症常见，应在治疗一开始就测定PaO2 。如肺泡换气受损，需立即行呼吸机呼吸。促发疾病要立即治疗，液体要谨慎补充，因为甲减病人排泄水分不畅。最后，因为甲减病人代谢较正常人慢，所以服用药物需谨慎。
亚临床甲状腺功能减退症 ：无症状或提示有轻微甲减伴随正常血清FT4 ，FT3 和高血清TSH浓度。
亚临床甲减在以往几年变得相对多见，因现在有敏感TSH(S-TSH)测定。亚临床甲状腺功能减退特别多见于老年女性，尤其是患桥本甲状腺炎妇女，发生率达15%。所有亚临床甲状腺功能减退病人应测定过氧化酶抗体。抗体阳性病人主张用LT4 ，因为有较大危险发展成明显的甲状腺功能减退。无阳性抗体者，LT4 治疗有诸多争论，但即使有暗示甲状腺功能减退症状，还是主张治疗。至少应密切随访，以确定是否会发展成较严重的甲状腺功能减退。
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