原发性甲状腺功能减退症症状和体征与甲亢形成显著对比，起病可以隐蔽和难以捉摸。面部表情迟钝，声哑，讲话慢;由于玻璃样酸和硫酸软骨素的粘多糖浸润使面部和眶周肿胀，怕冷显著;由于缺乏肾上腺能冲动，眼睑下垂;毛发稀疏，粗糙和干燥;皮肤干燥，粗糙，鳞状剥落和增厚。体重中度增加，主要是由于食物代谢降低和水分潴留。病人健忘和显示智能损害伴渐进性人格改变。某些表现为忧郁，可能有明显的精神病(粘液性水肿狂躁)。
常有胡萝卜素血症，手掌和足底特别明显，这是由于胡萝卜素沉积在富有脂肪的上皮层。蛋白基质沉积使舌变得肥大。甲状腺激素和肾上腺能兴奋降低导致心动过缓。心脏可以扩大，部分是因为扩张，但主要是由于高蛋白含有浆液渗出在心包腔内积贮。可有胸腔和腹腔渗出。心包和胸腔渗出发展较慢，仅极少数会导致呼吸窘迫和血液动力学障碍。病人一般有便秘，可以极其严重。手，脚麻木多见，此常由于腕-跗管综合征，系蛋白质基质沉积在腕，踝周围韧带产生神经压迫所致。反射甚有助于诊断，因为收缩活跃，松弛缓慢。甲减妇女常有月经过多，与甲亢月经过少正好相反。体温低多见。常有贫血，通常是正常细胞-正色素性，其原因不清，但由于月经过多可以是低色素，有时因为有恶性贫血和叶酸吸收减少出现大细胞性贫血。一般来讲，贫血罕见严重(Hb>9g/dL)。当低代谢纠正，贫血好转，有时需6~9个月。
粘液性水肿昏迷是威胁生命的甲状腺功能减退症的并发症。特点包括甲状腺功能减退症病程长，昏迷伴有极低体温(24~32。2℃)，反射消失，癫痫发作，CO2 潴留和呼吸抑制。严重低温可被忽视，除非用特殊低读数温度计。必须根据临床，病史和体检作出快速诊断，因为有过早死亡的可能。促发因素包括寒冷，疾病，感染，外伤和中枢抑制药。
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