本病的诊断依据主要有：本病中年女性稍多于男性，口腔粘膜病变的病损特征是在角化病损之间有红色充血的或正常的粘膜，它“镶嵌”在灰白色的角化斑块或条纹中，形成为网络状或线路状。口腔病损常常为对称性。若用放大镜细细观察，其病损则表现为白色细线条或针帽大小的丘疹，并组成网状、线条、环形、斑块等各种图形。具有以上典型症状的病人不难作出临床诊断。但如果病程反复，时间较长，或有水疱、溃疡、糜烂等损害时，则需依靠活检或其他诊断方法来与另外一些粘膜病鉴别。
扁平苔藓应与以下几种疾病相鉴别：
1、口腔赤斑病（简称赤斑，口腔红斑）赤斑是一种红色口腔粘膜癌前损害，非常类似于癌前皮炎——博温病（Bowen disease），二者在组织病理海陆空上的改变，也常难以区分。为免于在字面上混同于良性的炎症性红斑（macule）而称赤斑，以示二者在本质上的差异。
赤斑好发于“危险区域”：舌腹（缘）—口底、口角区颊粘膜与软腭复合体；中年女性患者多于男性。赤斑初期的特征，是上皮萎缩与异常增生，临床上的突出表现为血红色的光亮似“无皮状”的圆或椭圆形斑块，界限非常清楚，触诊非常柔软，类似“天鹅绒”，损害微凹或平状；无明显疼痛或不适；损害如绿豆大小，逐渐向四周扩大。这种表面鲜红光亮而无白色成分的类型称为均质型赤斑。反之，若赤斑中有白色颗粒，则称颗粒状赤斑。若又有颗粒并伴有较大的结节时，则称为颗粒—结节状赤斑。这种类型由于同时存在两种癌前损害：赤斑与白斑，因此，又可称为颗粒—结节状白斑（参阅白斑节）。
赤斑在缓慢扩展过程中，临床特征为柔性与血红色逐渐减退，界限不清，表面轻度隆起，触诊具坚韧感，表明赤斑已从萎缩与异常增生阶段发展为原位癌或浸润癌，故有时亦称“增殖性红斑”或“红斑瘤”，应立即进行活检以明确诊断。
初期赤斑的特征是上皮萎缩，故镜下所见为：角化层消失或难以辨认，乳头层上仅有2～3层棘细胞，而这几层棘细胞往往已显示核浆比改变，核深染等具有癌前性质的细胞畸变；又由于乳头层接近表面以及毛细血管扩张充血，故呈特异的血红色和柔软性。
而常见的粘膜炎（mucositis）是红色良性粘膜炎的统称，创伤、感染、药疹等多种原因都可在口腔任何部位引起炎症反应，这种炎症反应通常也称红斑。红斑呈暗红色，无特异的血红色，疼痛比较明显，病程短暂。对于疑似赤斑的局限性损害，可在损害下注射皮质类固醇如确炎舒松，每周2次，如2周内无消退迹象，应予以活体检查。
2、盘状红斑狼疮女性多见，损害常发生在唇部、颊粘膜、舌背、口底舌腹等部位，皮肤损害多见于头面部。粘膜损害的特征为中央萎缩，外围为白色或黄白色而发硬的斑块，边缘不规则但界限清楚。损害发生部位可作为鉴别参考。
以上几种疾病与扁平苔藓的鉴别还可借助于组织学检查：赤斑损害是角化层消失，仅有2～3层棘细胞，核浆比改变，核深染等；红斑狼疮损害的上皮有过度角化，但增生不明显；白斑则上皮有明显的异常增生；扁平苔藓的上皮有角化过度或角化不全，有时且萎缩，基底细胞排列紊乱、液化或坏死，基底膜下有大量淋巴细胞浸润。
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