乙肝的发病机理是个比较复杂的问题，国外有不少的专家对此进行了研究，结果表明乙肝患者的肝脏损害并不是乙肝病毒在细胞内繁殖的直接结果，而是机体的免疫反应造成的。
肝病专家解释说：人一旦感染上乙肝病毒后，可激发机体产生对乙肝病毒的各种细胞免疫反应和体液免疫反应，还会激发自身免疫反应引起免疫调节功能紊乱。
机体的这些免疫反应，可清除已感染病毒的肝细胞，又可引起肝细胞的损伤，造成不同类型的病理变化及临床转归。幼儿时感染HBV常常因免疫功能不健全，而缺乏上述的免疫反应，造成乙肝病毒携带者状态或慢性肝炎。成年感染乙肝病毒的多数患者病毒是可以通过上述免疫反应，引起急性肝炎的症状，同时清除乙肝病毒的。
乙肝治疗效果不佳的主要原因是误治、乱治、失治，具体说来有以下7点：
1.治疗对象选择不合适。许多患者不属于抗病毒治疗的范围，如慢性病毒携带者、中晚期的肝硬化患者等，但他们却硬性使用干扰素等抗病毒药物治疗。结果非但难以取得疗效，反而容易造成不良反应。
2.用药方案不正确。一些患者虽然属于抗病毒治疗的范围，但是所选用的抗病毒治疗药物及其剂量、疗程却不正确，临床上也难以奏效。
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