一是通过血液检测，反映病毒是否存在、是否处于复制期、是否有传染性等等;二是通过肝组织学检查，了解肝脏内部是否存在病毒？病毒是否处于复制阶段？肝脏受损的程度如何？
血液检查如出现问题，可以间接证实、反映肝脏情况。但是，血液检查没有问题，不能说明肝脏内部也没有问题，肝脏内部仍有可能潜伏有许多复制状态的乙肝病毒。由于目前绝大多数的患者只能通过血液检查推断病情如何，所以结论也只能是相对正确的。要想真正了解肝脏的实际情况，需反复进行肝穿刺，取活组织检查。这在理论上可行，但在实际临床工作中却很难做到。通过血液了解乙肝病毒的具体方法是进行乙肝病毒多项指标检查（如乙肝病毒“两对半”、乙肝病毒脱氧核糖核酸等），所谓转阴治疗也就是只让这些病毒指标转阴。过去认为这些指标阴转了，病情自然也就好转了。现在看起来，这些认识是过时的，甚至是错误的。现在发现：人体血液中的乙肝病毒变化形式实际是极其复杂的，决不能用一元化解释。那么，该如何判断、分析病毒指标阴转究竟是好还是不好呢？
带来积极作用、好转性质的阴转。有的患者通过药物治疗或其它方式等，出现乙肝病毒指标的阴转。最常见的是“大三阳”转为“小三阳”或是“小二阳”（即表面抗原和核心抗体阳性），有时甚至于转为e抗体和核心抗体阳性，这种情况多见于急性乙肝恢复后，慢性乙肝病毒携带者的自愈和自限，一部分患者经治疗后发生的积极反应。其特点是随着乙肝病毒指标的阴转，患者症状（食欲不振、疲乏、肝区不适、腹胀等）及体征明显好转，肝功恢复正常并长期保持稳定，乙肝病毒主要复制指标（e抗原、HBVDNA）持续阴性。
带来消极作用、恶化性质的阴转。有的患者反复用药治疗，有的患者未经特殊治疗，也会出现乙肝病毒指标的阴转，最常见的是“大三阳”转为“小三阳”或是“小二阳”，有时甚至于转为e抗体和核心抗体阳性。病毒指标虽然转阴了，病情却越来越严重。如果遇到这种情况，说明上述病毒阴转带来了不良的后果，这些阴转大都是病毒变异造成的。病毒变异本身说明病毒是一种适应性极强的、生命力顽强的生物体，它并非那么容易被消灭。患者可出现表面抗原检查阴性，这在过去看来，是乙肝根本治愈的标志。而实际不然，它不仅导致医生的误判，还是导致乙肝疫苗接种失败的原因。因此，乙肝的抗病毒治疗是治疗的关键所在，但是从目前看，尚无绝对有效的药物问世。乙肝的治疗仍然提倡保肝、提高免疫、抗纤维化及抗病毒等项综合治疗，单打一的治疗往往难以奏效，治疗过程中不必一味要求病毒指标阴转，而应首先强调肝功能长期正常及稳定。
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