手术肿瘤是小儿肿瘤治疗的一个有效方法，同时手术治疗小儿肿瘤也有其特有的缺点与局限。小儿肿瘤外科医师应当不同于一般的小儿外科医师和一般的肿瘤外科医师，除了掌握外科原则外，还应该对小儿肿瘤的整个治疗方案、小儿肿瘤外科的手术原则有充分的认识。
(1)淋巴结清扫的原则和争议：临床已有明确转移的淋巴结，除了恶性淋巴瘤因属血液系统疾病并对化疗敏感外，一般均要进行淋巴结清扫。根治性肿瘤手术对区域淋巴结连同原发肿瘤一并切除。某些原发肿瘤与转移淋巴结相隔较远时，可以一期手术，多个切口将淋巴结与原发肿瘤一起切除;也可以分段手术，在原发肿瘤切除后2～6周再作二期淋巴结清扫。
关于临床上和CT、B超等形象诊断都没有发现肿大的淋巴结，是否需要作预防性的淋巴结清扫尚有争议：区域淋巴结是否对肿瘤播散有防御功能?预防性的区域淋巴结清扫是预防肿瘤播散还是损伤局部免疫防御功能、促使肿瘤播散?区域淋巴结预防性的清扫与等到临床出现转移时清扫临床疗效是否相同?近年来，小儿肿瘤外科医师对预防性的淋巴结清扫多持谨慎态度，对睾丸和卵巢恶性肿瘤原则上不作预防性淋巴结清扫，只有在术后肿瘤生化指标持续不降或CT、B超提示有淋巴结肿大时才进行二期淋巴结清扫。
(2)重建和康复手术：小儿肿瘤的外科手术还应包括肿瘤一期手术后某些功能重建和美容康复的手术。此类手术通常是在原发肿瘤切除，无瘤生存2年以上的时候进行，如肛门直肠肿瘤或膀胱阴道肿瘤术后的肛门成形或泌尿生殖道重建手术;肢体或骨肿瘤术后的肢体功能重建或长骨移植重建的手术等等。
(3)转移性肿瘤的手术治疗：小儿肿瘤的转移灶的手术治疗已日益受到重视。但小儿肿瘤转移灶的手术指征完全取决于原发肿瘤的疗效。原则上，转移肿瘤的手术治疗多应用于原发肿瘤手术切除、控制满意，转移灶呈单个并有切除可能者。
肺部孤立性转移灶在原发肿瘤控制的前提下，应用手术治疗的效果比较肯定；小儿肿瘤的肝脏转移与成人不同，呈单个孤立转移灶的机会很多，在原发肿瘤彻底切除并控制满意约6个月的时机、如果肝脏转移灶位于一叶可以切除者，均应争取肝转移病灶切除；小儿肿瘤脑转移病程快、症状凶、预后差，手术机会相对较少。
(4)原发肿瘤的彻底切除：肿瘤多是自局部向周围组织浸润扩散，肿瘤的手术治疗原则是切除原发肿瘤及其累及的周围组织。如果肿瘤在某一器官或组织，而该器官的切除不会影响患儿的生命，则应将该器官切除，象肾母细胞瘤的肾切除、卵巢或睾丸肿瘤的单侧卵巢或睾丸切除等等。如果原发肿瘤已与邻近脏器明显粘连时，为求肿瘤完整切除，有时可将邻近器官一并切除。
小儿肿瘤的手术切除范围，应根据各种肿瘤的生物特性而决定。根治性肿瘤切除术是指对原发肿瘤的广泛切除，连同周围的淋巴结转移区的整块切除，这在小儿肿瘤手术治疗中应用已逐渐减少，主要应用于淋巴结转移概率很高的恶性肿瘤或肿瘤切除复发并有淋巴结转移的病例;而大部分小儿软组织恶性肿瘤呈局部浸润性生长，很少有淋巴结转移，因而其手术范围也相对较小，不必作区域淋巴结清扫;肌肉来源的横纹肌肉瘤常需要将受累及的肌肉自起点到止点的切除。
总之，小儿肿瘤的手术是尽可能的彻底切除肿瘤，以达到根治目的。但如果病变已超越根治手术范围、或累及重要脏器不能作整块切除，则不要勉强作根治手术，可根据实际情况作姑息手术或用化疗、放疗等其它方法辅助治疗。
小儿肿瘤的重建和康复手术，有时还可应用与某些患儿在肿瘤放疗后发生的肌肉功能丧失或美容影响的重建或整形手术。
