无急性肾盂肾炎的症状（发热和腰痛）存在时，鉴别上尿路及下尿路感染常很困难。慢性肾盂肾炎患者在排泄性尿路造影中有典型的肾脏瘢痕，而下尿路感染患者的肾脏正常。然而有肾脏瘢痕病人的尿培养有时无细菌生长，只表现为下尿路感染的症状。排泄性尿路造影正常的患者也有时出现发热，腰痛或其他上尿路感染的症状。因此，这时除非进行侵入性检查，否则，下尿路感染（女性尿道综合征和膀胱炎，男性细菌性前列腺炎和膀胱炎）和上尿路感染之间的鉴别相当困难。
慢性肾盂肾炎还须与其他原因引起的慢性肾小管间质性肾脏疾病相鉴别，特别是镇痛剂性肾病。作鉴别时还须考虑肾结核之可能，尿涂片及培养发现有分枝杆菌以及尿路造影发现有典型的肾结核表现时可资鉴别。尿路造影发现有慢性肾盂肾炎改变者，有时还需进一步作肾脏核素扫描、血管造影或CT扫描等检查与肾脏肿瘤相鉴别。
对于慢性肾盂肾炎的治疗措施可有一般治疗和特殊治疗之分，详述如下：
1）要使进行性肾损害和功能损失降低到最低限度，则需严密随诊病人，严格控制尿路感染，及时发现和处理并发症，单侧萎缩性肾盂肾炎引起的高血压可能受肾素调节，此类病人经仔细评估后，如有适应症则可作患肾切除术。
2）特殊治疗：①药物治疗：有慢性肾盂肾炎证据的各年龄组患者，需及时诊断仔细治疗，并预防感染再发生。为根治尿路感染，需作药敏试验，选择适当的抗生素。如果为重新感染（特别是婴幼儿），则需长期、连续使用抗生素治疗。②手术治疗：通过外科手术矫正患者解剖上的缺陷（尤其是尿路梗阻）和去除结石，影响药物疗效不同程度的膀胱输尿管返流也需手术治疗。
要防止慢性细菌性肾盂肾炎的肾瘢痕和进行性肾损害的发生，需要早期发现婴幼儿的尿路感染，仔细预防和治疗婴幼儿及成年人所有的尿路感染，尽早查出和手术矫正影响内科治疗的各种不利因素。
发病时的年龄、解剖缺陷、肾脏病的严重程度和尿路感染的疗效等决定着慢性肾盂肾炎的预后。慢性肾盂肾炎一般不演变成为需作透析和肾移植的慢性肾功能衰竭，但治疗不彻底的婴幼儿慢性肾盂肾炎例外。
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