一般治疗对慢性肾盂肾炎，首要的是寻找并去除导致发病的易感因素，尤其是解除尿流不畅、尿路梗阻，纠正肾和尿路畸形，提高机体免疫功能等。
1.慢性肾盂肾炎只有找出并去除了存在的易感因素后，才能彻底有效治疗而不再发。多饮水，勤排尿，增加营养等非常重要。
2.抗菌药物治疗慢性期选用的抗菌药物与急性肾盂肾炎相似，但治疗较急性期困难，一旦处理不当，不仅疗效不佳，且易引起肾功能受损而影响预后。慢性肾盂肾炎的抗菌治疗择优方案为：①常需2类药物联合应用，必要时肾病的治疗需要中西医结合。②疗程宜适当延长，通常治疗2～4周。若无效或复查中再发，可选用敏感药物分2～4组，轮换应用，每组药用1个疗程，疗程毕停药3～5天，共2～4个月。如上述长程抗菌治疗仍无效或常再发者，可采取低剂量长期抑菌治疗。临床常用磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲基异恶唑）、呋喃妥因、头孢氨苄（头孢立新）、阿莫西林（羟氨苄西林）、诺氟沙星（氟哌酸）等任一种药1次剂量，于每晚排尿后入眠前服用，可长达6～12个月，多可防止再发，对重新感染引起再发的慢性肾盂肾炎更为有效。③抗菌治疗的同时，特别在疗效不佳或频频再发时，必须寻找并去除易感因素。④急性发作期的用药同急性肾盂肾炎。
复发者多在前次发病用抗菌药物治疗停止后6周内再发，其实质是上次治疗失败，故应另换敏感药物或改变治疗途径、方法和疗程等。重新感染则多在前次治疗停药6周后再发，常与机体免疫功能低下有关，在调整药物治疗同时，需增强免疫功能。
隐匿型慢性肾盂肾炎的早期症状，但细菌尿却持续存在，肾内炎症及肾功能损害也可能发生，尤其对孕妇、幼儿、尿路畸形和糖尿病患者，更应做抗菌治疗，以保持尿无菌状态。一般可选用前述药物1种治疗10～14天，无效或再发可调整用药再治，若仍无效或再发则可用长期低剂量抑菌治疗。
合理选用中成药：
根据不同证型，可合理选用中成药以配合治疗。
（1）大补阴丸：功能：滋阴降火，滋补肝肾。主治：慢性肾盂肾炎属肝肾阴虚，虚火上炎者。用法： 10g，3次/d。
（2）滋肾通关丸：功能：清下焦蕴热，助膀胱气化。主治：慢性肾盂肾炎属热蕴膀胱而证见尿闭不通，少腹胀满者。用法：6g，3次/d。
（3）济生肾气丸：功能：温补肾阳，化气行水。主治：慢性肾盂肾炎属肾阳不足者。用法：10g，3次/d。
（4）右归丸：功能：温补肾阳，化气行水。主治：慢性肾盂肾炎属肾阳不足，命门火衰者。
（5）其他中成药如复肾宁、银花泌炎灵。
3.康复治疗：
（1）坚持大量饮水，每2～3h排尿1次，可降低发病率。（2）注意个人卫生，勤洗澡，用淋浴，要勤换内裤。（3）去除慢性感染因素，积极治疗慢性结肠炎、慢性妇科疾患、糖尿病、慢性肾脏病、高血压等易发生尿路感染的疾病，是预防复发的重要措施。（4）尽量避免使用尿路器械和插管。（5）预防性服用抗菌药，可选用磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方新诺明）、诺氟沙星（氟哌酸）、氨苄西林（氨苄青霉素）中的1种，如无不良反应，可再临睡前长期服用。（6）慢性尿路感染病人，要耐心按医嘱坚持治疗，不要随意停药，即使症状消失后，也要定期到肾病专科医院复查，直至尿细菌培养多次正常后，或按计划治疗疗程结束后未再复发者，才可停药。
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