许多学者认为ＣＲＦ的基本病机为本虚标实。正虚包括气、血、阴、阳的虚损，实邪有湿浊、瘀血和痰，可伴有水停为患，有时兼夹外邪。其演变过程，往往因实致虚，继而在虚的基础上又产生实邪。
（１）情志所伤：
长期情志不舒，忧思恚怒，肝失疏泄，肝气郁结，三焦气机不畅，一则横逆而克脾土，肝脾不和，脾失健运，水湿泛滥；一则气机阻滞，气血运行不利，可发生气滞血瘀，或肝郁日久，郁而化火，肝火灼伤肾阴，导致肝肾阴虚。
（２）失治误治：
如在原发病治疗中，治不得当，迁延日久；或妄投苦寒伤中败胃之品，脾失健运，脾阳虚弱，伤及肾阳；或妄投辛热，伤津耗阴，肾阴亏损，进一步导致气阴不足；或只注意肾外疾病的治疗，而忽视了对肾脏的调理，造成肾气损伤；或用有毒药物伤及脾肾，致使脾失健运，肾失气化，水湿阻滞，浊毒内生。由于阴阳互根，脾肾气虚或脾肾阳虚必然要阳损及阴，形成气阴两虚或阴阳两虚的局面。同时脾肾虚损也要波及肺、肝、心三脏。肝肾阴虚者，也会逐渐阴损及阳，形成气阴两虚或阴阳两虚的局面。肝肾亏损必然波及肺、脾、心三脏，与脾肾两虚的结果相同，最后五脏俱衰。外邪、水气、湿浊、瘀血等实邪由脏腑虚损发展而成，但一旦停蓄留滞为患，又会反过来影响正气的升降出入，加速原来虚证的发展，因此实邪虽属标证，却是导致疾病恶性循环的关键。综上所述，ＣＲＦ的病机错综复杂，虚实并见，阴阳失调，寒热交错，病位广泛，可涉及五脏和胃、肠、三焦、膀胱等多个脏腑。其中脾肾衰败，湿浊水毒潴留是病机关键。
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