大量研究表明，慢性脂肪肝与肝纤维化和肝硬化关系密切。无论慢性脂肪肝的病因为何，部分患者最终可发展为肝硬化，尤其是酒精性脂肪肝。长期大量饮酒，首先造成脂肪肝，如仍持续大量饮酒，则可经酒精性肝炎导致肝硬化。
大量饮酒引起脂肪肝的最低时限一般为5年，引起肝硬化的最低时限为10～15年，但小于上述时限也可发生酒精性脂肪肝和肝硬化。现发现，酒精性脂肪肝一旦出现中央静脉周围纤维化，病变可迅速由脂肪肝直接发展至肝硬化。
此过程并非良性，最快2年内即可由脂肪肝发展为肝硬化。国外一项研究表明，平均每年约有10%左右的脂肪肝患者发生肝硬化。
与酒精性脂肪肝相比，非酒精性脂肪肝发生肝纤维化和肝硬化的机会较低，进程相对缓慢。并且，非酒精性脂肪肝必须在非酒精性脂肪性肝炎的基础上才会发展为肝硬化，即非酒精性脂肪性肝炎是非酒精性脂肪肝发展为肝硬化的中间阶段。
既往认为，非酒精性脂肪性肝炎是一种良性疾病，发展缓慢，极少或不发生肝硬化和肝功能衰竭。但最近的研究有了新的认识，发现在重度肥胖症所致的脂肪肝中，约1/4的患者同时合并肝纤维化，1.5%～8%的患者发生肝硬化，同时也发现，非酒精性脂肪性肝炎的患者在体重减轻后病变可以逆转，但若不治疗最终可发展为肝硬化。
我国肝癌高发主要与乙型肝炎病毒、黄曲霉毒、饮水污染、某些微量元素缺乏、嗜酒、肝硬变、丙型肝炎病毒、以及遗传因素等有关。在西方国家，酒精是引起肝癌的重要因素，慢性嗜酒者中2%～3%将通过肝硬化发展成肝癌。
脂肪肝是各种肝毒性损伤的早期表现。脂肪肝本身与肝癌并无直接关系，但脂肪肝的病因之一酒精所致的肝硬化与肝癌有一定的关系。非酒精性脂肪性肝硬化也可并发肝细胞癌。
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