凡事有利必有弊，药物也是一把“双刃剑”，它既能治病又易伤已。大部分药物发挥治疗作用的同时，也会伴随一些不良反应。乙肝治疗是一个慢长而复杂的过程，大多数乙肝患者进行口服核苷（酸）类药物治疗都需要至少2至3年甚至更长时间。
目前已在中国上市的口服抗病毒药物大体上都是安全的，全都经过了5年以上的临床验证。但在上市后，由于病人个体差异，有些人身上会出现一些比较严重的不良反应。除了常规的乙肝五项、HBV DNA等检查外，乙肝患者还需定期检查其他指标才能发现副作用的存在。
服用拉米夫定的患者，最常见的副反应有头痛、不适、疲倦，但通常并不严重。拉米夫定距今已经有超过10年的历史和广泛的人群使用经验，被临床医生公认为是很安全的口服抗病毒药物。《中国乙型肝炎防治指南》推荐拉米夫定适用于慢乙肝，肝硬化、肝移植、重症肝炎等病人。
使用替比夫定的患者要密切留意自己的CK（肌酸激酶）水平。一旦CK升高，又参加了重体力劳动，可能会出现肌肉无力、酸痛等不良反应，甚至会出现肌病而导致横纹肌溶解。因此，在使用替比夫定的过程中，应该每3个月定期监测CK水平。另外，替比夫定和干扰素严禁联合应用，否则部分患者会发生周围神经病。
恩替卡韦曾在动物实验中发现致癌案例，目前美国FDA要求百时美施贵宝公司在进行长达10年的全球、多中心的临床研究。在临床实验中，尚未发现有病人出现肿瘤的情况。另外，恩替卡韦曾有乳酸酸中毒的报道，重症病人使用时应该注意。
因此，乙肝患者在开始抗病毒治疗之前，应该了解药物都有哪些副作用，尽量选择使用经验多，副作用少的药物;同时坚持定期检测，发现药物副作用及时治疗。
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