如果人体从未感染过乙肝病毒，注射乙肝疫苗后，可以产生有效的保护性抗体。但是，对于乙肝病毒感染者和乙肝患者来讲，体内早有乙肝病毒存在，乙肝病毒不断地复制，而且病毒在复制时，合成表面抗原的能力特别强，因此血液中循环的表面抗原远超过注射的乙肝疫苗中所含的表面抗原量。体内如此大量的表面抗原尚不能诱导体内产生相应的抗体，那么另外再给一点含免疫佐剂的表面抗原（即乙肝疫苗），又能起多大作用呢？
乙肝疫苗的预防作用只对从未感染过乙肝病毒的人群有效。因此，对已经感染了乙肝病毒的人，再给予乙肝疫苗注射，显然是不能起到预防乙肝的作用的。但在临床上，乙肝疫苗对慢性乙肝是有一定治疗作用的。将乙肝疫苗同其他抗病毒药合用，可以促进乙肝病毒指标的阴转。几年前，全国普遍应用的乙肝疫苗加猪苓多糖治疗慢性乙型肝炎，就是将乙肝疫苗用于治疗的典型例子。现在，针对众多的乙肝病毒携带者，不少专家提出了乙肝疫苗联合潘生丁、左旋咪唑的治疗方案，应用于临床后，获得了一定效果。
一般情况下，打了乙肝疫苗后不会影响日常工作和生活，至今尚未见有关于注射后引起严重副作用的现象，只有少数人出现接种部位红肿、硬结、疼痛，手臂酸重或发热、恶心、呕吐、乏力、皮疹等与一般疫苗接种大致相仿的轻微反应，多在1－3天内不治自愈。
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