不同乙肝病毒感染者的乙肝治疗难度不同，乙肝病毒一但侵入机体会很快和肝脏正常细胞结合，并且侵入肝细胞核内，和肝细胞包成一团很难分离。所以说乙肝是很难治愈的。
乙肝难治的客观原因
具有四十多年临床经验的专家认为无论中医还是西医，治疗的主要目的都应该是：
1.持久抑制或清除病毒，使肝炎病变缓解，防止肝硬化乃至肝癌的发生。
2.降低或消除传染性，即阻止肝病的蔓延。
乙肝难治的主要原因有以下几个方面：
①病毒多处存在
乙肝病毒为泛嗜性病毒，可在肝脏、胆管上皮细胞、胰腺、淋巴细胞等组织和细胞中存在和复制。抗病毒药物较易清除血中的HBV（乙肝病毒），而组织细胞中的HBV则不易被清除或清除较晚，成为复发的重要原因。
②免疫耐受
母婴垂直传播与婴幼儿水平传播为我国HBV的主要感染特点。婴幼儿的机体免疫系统发育与HBV感染、复制相伴随，待免疫系统成熟后，会误将HBV认为是自身成分而难以发挥排斥清除反应。这是我国慢性乙肝难治疗的重要原因。
③基因整合
早期感染上乙肝病毒后，由于免疫耐受，常无症状表现，至成年期发现而开始治疗时，中间往往已间隔了十余年，乙肝病毒脱氧核糖核酸早已发生了多处基因整合。此时治疗，即使血清中乙肝病毒多项指标，如“两对半”中的e抗原等下降或消失，细胞内整合的病毒基因仍可在停药后复制、表达，造成反跳、复发。这是造成乙肝难治的又一重要原因。
④基因变异
传统上认为，病毒转阴（如“大三阳”转为“小三阳”）是病毒复制减弱、传染性降低、病情好转的标志。但最新研究表明，即使“大三阳”转为“小三阳”，只要乙肝病毒脱氧核糖核酸（HBV-DNA）为阳性，就可能预示着乙肝病毒已发生变异。这种变异说明，病毒仍复制活跃，仍有传染性。而且e抗原（HBeAg）不能表达，表示病毒不易被清除，易致慢性化发展。更糟的是，这种变异株对抗病毒治疗不敏感，表现为复发率高、远期疗效不佳。
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