乙肝治疗效果不佳的主要原因是误治、乱治、失治，具体说来有以下7点：
1.治疗缺乏针对性
许多患者不属于抗病毒治疗的范围，如慢性病毒携带者、中晚期的肝硬化患者等，但他们却硬性使用干扰素等抗病毒药物治疗。结果非但难以取得疗效，反而容易造成不良反应。
２.不该治疗的也拼命治疗
我国乙肝感染者虽多，但绝大多数为慢性乙肝病毒携带者，他们大都没有特殊不适，肝功正常，乙肝病毒复制指标阴性，这些人群不宜用药治疗，无论怎样用药，也难改表面抗原阳性这一结果。这些人群仍可视为正常人，可以从事正常的工作和学习。遗憾的是很多这样的人都在尝试着各种治疗，力图使表面抗原转阴，以彻底改变表面抗原阳性带来的不利影响。
3.滥用或乱用药物
有的患者四处求医，今天用西药，明天用中药；名目繁多的虚假肝病广告更让广大患者无所适从。大部分乙肝广告用药都存在着虚假和欺骗，疗效包罗万象，神乎其神，诱使患者上钩，骗钱敛财。滥用或乱用这些广告药物，只能使乙肝患者雪上加霜，后果更惨。
４.用药方案不正确
一些患者虽然属于抗病毒治疗的范围，但是所选用的抗病毒治疗药物及其剂量、疗程却不正确，临床上也难以奏效。例如，我国乙肝患者对于a-干扰素的合适剂量应为500万至1000万单位，疗程为半年至一年，但是却很少有患者照此进行。拉米夫定(贺普丁)虽然具有迅速抑制病毒的优点，但是需要长期不间断用药，有的患者使用过程中，未经医生许可，擅自停药，造成“拉米夫定(贺普丁)停药后肝炎”，出现肝功再次异常、病毒指标转阳的结果。
５.失去最佳治疗时机
治疗乙肝的最佳时机是转氨酶轻度升高、乙肝病毒复制指标呈阳性的患者，病程越短，治疗效果越好。有的患者得了乙肝，不及时治疗，依然喝酒，不注意休息，病情进入肝硬化阶段才着急治疗，治疗效果自然较差。
６.治疗目标定位偏差
目前乙肝治疗的最佳目标和结果是：肝功能长期稳定、正常，病毒复制指标保持阴性。治疗目标不宜定得过高，不可一味追求表面抗原阴转，或是所谓的“三阳”全部阴转，目前这些是绝对不可能的。可是不少乙肝患者甚至乙肝病毒携带者，都在为此虚无缥缈的目标花钱治疗，这就难怪治来治去也达不到目标了。
7.心理状态和心理调控失衡
得了乙肝，每天焦虑不安、惊慌失措，生活和工作质量下降，天长日久，自身免疫功能紊乱，反而加剧了病情。
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