用干扰素治疗的丙肝患者，体内的丙肝病毒可被抑杀，发病过程可以中断。另有一些学者认为，对急性丙肝患者采用干扰素治疗，至少可以防止30% 的丙肝患者向慢性化发展，而且急性丙肝一旦明确诊断，干扰素的应用越早越好。
慢性丙肝的治疗，目前国内外公认有效的也只有干扰素，同样应该早期治疗，在急性丙肝的恢复期，选用干扰素每次300万单位，每周3次，皮下注射，持续一年，甚至更长时间，70%以上的患者可获痊愈，这可使慢性丙肝患者大大减少；若急性期未得到及时冶疗，则60%左右的感染者将发展为慢性丙肝，以后自愈的可能性甚少。
对于慢性丙肝，除选用于扰素外可同时服用病毒唑片(每片0.15克，每次0.3克，每日3~4次，宜小剂量开始，以减轻消化道反应)，与单用干扰素40%左右的有效率相比，疗效提高10%~20%。
世界上目前生产的第三代干扰素，是由科学家从几种天然产生的干扰素亚型中，将其中各自的有效成分重组合成的一种干扰素，商品名叫干复津，治疗慢性丙肝已证实有很好的疗效，每次9~15微克，每周3次，疗程12个月。
由此可见阻断慢性丙肝的发展关键是进行病原治疗，在控制和消灭病原的过程中，也应认识到必伴有肝组织的损害，因此对应用干扰素治疗的病人应重视病例选择，治疗过程中应定期随访，最好请有经验的医生动态观察治疗的反应、疗效，以及B超观察肝脏的变化，以调整剂量和掌握疗程。
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