新生儿眼炎多是经阴道分娩感染而来，也可发生于宫内，或出生后感染。其感染的病原菌随着时代的发展而不断变迁，从链球菌到葡萄球菌，直至淋球菌。新生儿眼炎对于刚刚来到世间的新生命来说是值得关注的疾病。倘若经久不愈，就会造成泪囊堵塞，影响宝宝的视力。
对于初为人父母的爸爸妈妈来说，看到宝宝眼睛红红的，流眼屎，甚至眼中有脓性物，怎会不让他们着急呢？新生儿眼炎的病因是病原菌感染，其治疗方法就是针对病原菌选用相应的抗菌眼药水。传统认为，新生儿眼炎主要是葡萄球菌，尤其是金黄色葡萄球菌感染，其次是溶血性链球菌感染。随着青霉素在临床中的广泛应用，这两类细菌得到了有效地控制，感染率下降。由于青霉素的普遍使用，随之产生了抗青霉素的耐药菌株。
针对耐药菌株的产生，医药界又研制了抗耐药菌株的半合成青霉素，解决了治疗上的困难。近十余年来，由于淋球菌感染率的增加，新生儿淋球菌眼炎患病率呈直线上升。临床上多针对淋球菌感染，治疗新生儿眼炎。近来，有关专家研究结果对传统认为新生儿眼炎的感染菌谱提出挑战。重庆医科大学儿童医院博士后导师吴仕孝教授采用细菌培养和聚合酶链反应两种方法检测了近2年125例新生儿结膜炎患儿标本，发现沙眼衣原体感染占51.2%，同时还发现患沙眼衣原体结膜炎的新生儿74%为经阴道分娩感染，其余为宫内感染。感染菌种变化了，治疗方法也要作相应的改变，即选用对衣原体有较强杀灭作用的药物。若有条件，应为新生儿眼炎做病原学诊断，以便选择有效药物。
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