单纯疱疹病毒性脑炎若不治疗，大约70%～80％的患者是致命的，并且急性发病存活者常遗留严重的后遗症。早期诊断和治疗是降低本病病死率的关键，主要包括特异性的抗病毒治疗，辅以免疫抑制剂治疗和对症支持治疗。
1.全身支持治疗
对重症及昏迷患者至关重要，注意维持营养及水、电解质的平衡，保持呼吸道通畅。必要时给予静脉高营养、加强生活护理，预防褥疮及呼吸道感染等并发症。
2. 对症治疗
包括对高热的患者进行物理降温，抗惊厥、镇静、脱水降颅压等。
3. 抗病毒化学药物治疗
（1）更昔洛韦 抗HSV的疗效是阿昔洛韦的25～100倍，具有更广谱的抗HSV作用和更低的副作用。用量是5～10mg/kg/日，静脉滴注，疗程10～14天。
（2）阿昔洛韦 第二代抗病毒药物，常用剂量为：婴儿（大于6月龄）HSE为500mg/m2，静脉滴注，每8小时一次，疗程10天。成人30mg/kg/日，分3次静脉滴注，连用14～21天，少于10天常有复发。
国际推荐治疗时间为21天，若病情较重可延长治疗时间或再治疗一个疗程。有学者提出抗病毒治疗后，再用PCR方法检测HSV的DNA来决定是否需要延长抗病毒治疗的时间，国际最近的研究正在评价其可行性。
由于其对造血系统和肝脏的毒性作用，使用过程中应注意监测患者的肝功能和全血细胞分析。另外的主要副作用是短暂性肾功能不全，通常由于化合物在肾脏实质内形成结晶所致，故建议静脉滴注宜缓慢进行，每次在1小时以上，同时注意补液，嘱患者多饮水，可有效预防其发生。
4.免疫抑制剂治疗：
（1） 干扰素及其诱生剂 干扰素是细胞经病毒感染后产生的一组高活性糖蛋白，具有广谱的抗病毒活性，而对宿主细胞损害极小，60×106IU/日，连续肌肉注射30天；聚肌胞可使人体产生足量的内源性干扰素。
（2） 肾上腺皮质激素 对病情危重、头颅CT有出血性坏死灶及脑脊液
（3）转移因子 可使正常淋巴细胞致敏而转化为免疫淋巴细胞，皮下进行注射，1～2次/周，每次1支。红细胞和白细胞明显增多者可酌情使用。
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