一般而言，阿斯伯格症儿童和高功能自闭症儿童的差异性很小，通常被称为自闭症的延续或是变异的自闭症。因此，有些阿斯伯格症儿童，也常被误认为是自闭症，但其和自闭症之间仍存在着差异性，以下提供了几点比较：
语文智商的比较
语文流畅度的比较
动作协调的比较
社会互动的比较
攻击以及暴力行为
语文智商分面：
一般在定义阿斯伯格症和高功能自闭症，通常以智商七十以上来作为范围。一九九八年，调查三百三十个个案研究中发现，高功能自闭症儿童在语文智商方面，普遍低于阿斯伯格症儿童。高功能自闭症儿童语文智商平均为七十七，阿斯伯格症儿童则为九十八;在操作智商方面，阿斯伯格症儿童为九十，高功能自闭症儿童为八十六。研究结论显示，语文智商是可以做为诊断阿斯伯格症儿童和高功能自闭症儿童的标准。
自闭症儿童对于某些事情大多有特殊的兴趣或特殊的天赋，例如机械性计数的能力、机械性音乐的能力、机械性的判断能力，比较不属于思考性能力;而阿斯伯格症儿童则不同，阿斯伯格症儿童可能一直会思考诸如「美国应该有一州是没有空气的」等思考性问题。相对于高功能自闭症所特有的机械性特殊能力，阿斯伯格症儿童在特殊能力方面则属思考性的。
语文流畅度方面：
在语文流畅度方面，阿斯伯格症儿童没有困难，两岁前即会出现单字，三岁就会说整个句子，但在四岁前，「你」、「我」、「他」等称谓还是会混淆，而且容易会有反复和重复对方话语的情况。阿斯伯格症和高功能自闭症最大的差异在于，高功能自闭症的自发性语言非常少，不会流畅的表达;阿斯伯格症儿童则在自发性语言和对谈上并没有问题。问题则在于对谈时，亚斯柏格症儿童会有「冗长的对谈」，不管对方有没有兴趣，会和对话者一直谈同一件事情（例如他自己感兴趣的事），容易引起对方的反感，进而影响到其人际关系的互动。
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