1、胃肠系统
以口腔和食管的念珠菌及疱疹病毒和巨细胞病毒感染较为常见，表现为口腔炎、食管炎或溃疡。主要症状为吞咽疼痛和胸骨后烧灼感，诊断依靠食管镜。病人胃肠粘膜常受疱疹病毒、隐孢子虫、鸟分支杆菌和卡氏肉瘤的侵犯。临床表现为腹泻和体重减轻。
2、眼部
艾滋病患者眼部受累较为广泛，但常被忽略。常见的有巨细胞病毒性视网膜炎，弓型虫视网膜脉络膜炎，眼底棉絮状白斑，后者常为巨细胞病毒感染所致，眼部卡氏肉瘤常侵犯眼睑、睑板腺、泪腺和结膜、虹膜等。
3、肺部
尽管多种病原体可引起艾滋病病人的肺部感染，但必须是70-80%的患者可经历一次或多次肺孢子虫肺炎。在艾滋病因机会性感染而死亡的病例中，约一半死于肺孢子虫肺炎，因此必须及时诊断、预防和治疗。其临床表现主要是慢性咳嗽及短期发热，呼吸急促和紫绀，动脉血氧分压降低。此外巨细胞病毒、结核杆菌、鸟分支杆菌、念珠菌和隐球菌等均常引起肺部感染。卡氏肉瘤也常侵犯肺部。发展中国家以结核杆菌和鸟分支杆菌感染多见。
4、神经系统
本病出现神经系统症状者可达30%-70%。其中包括：① 机会性感染：如脑弓型虫病、隐球菌脑膜炎、进行性多病灶脑白质炎、巨细胞病毒脑炎和格林-巴利综合征。②机会性肿瘤：如原发中枢淋巴瘤和转移性淋巴瘤。③HIV感染：艾滋病痴呆综合征，无菌性脑膜炎等。
5、皮肤粘膜
卡氏肉瘤常侵犯下肢皮肤和口腔粘膜，表现为紫红色或深蓝色浸润斑或结节，可融合成大片状，表面出现溃疡并向四周扩散。其他常见的有念珠菌口腔感染，口腔毛状白斑表现为舌的两侧边缘有粗厚的白色突起，已证实是乳头瘤病毒、疱疹病毒等感染所致。此外外阴疱疹病毒感染、尖锐湿疣等均较常见。
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