不同的个体艾滋病窗口期所表现的症状有所不同，男性患者艾滋病窗口期与女性相比存在一定的区别。然而事实同时也证明，男性患者艾滋病窗口期症状较女性轻微，不明显。
美国艾滋病控制与防治中心发现，当男性和女性夫妻生活次数和性伙伴范围近似的情况下，一般只有一种HIV病毒感染男性，而会有数种其他病毒感染女性。因此，女性患者窗口期症状发作比较快。
但不论男女，艾滋病死亡率总是差不多。艾滋病窗口期的症状起初令研究人员大惑不解，后来发现答案是男女生理构造不同，才导致艾滋病窗口期的症状的情况不同。美国国家癌症研究所的研究人员对约500名感染者的艾滋病窗口期的症状进行的研究表明，人体的免疫系统中存在一种称为“HLACLASSI”的遗传基因，它们可以确定哪些细胞被艾滋病病毒感染，并用信号分子给这些细胞作上标记，免疫系统中的T细胞会杀死被标记的细胞，从而阻止艾滋病窗口期的症状的发生。
而作为反击，艾滋病毒把T细胞作为主要打击对象。女性先天带有比较多的T细胞，这使女性对艾滋病病毒特别敏感，艾滋病窗口期的症状也发生比较剧烈。这绝对是件坏事，由于大量的T细胞对艾滋病毒进行了强大的抗击，迫使艾滋病毒加快变异速度，艾滋病窗口期的症状出现也会随之加快，以躲过T细胞的追击。
最终结果是，女性体内的一种艾滋病病毒不久就变异为数种，这种情况在感染后的艾滋病窗口期的症状特别明显。因此女患者携有的病毒总数量不多，可是艾滋病窗口期的症状危害丝毫不减。这项研究成果把药品公司惊出一身冷汗。因为这若是事实，女性身体上出现的艾滋病窗口期的症状让名噪一时的“鸡尾酒”疗法和其它特效药黯然失色。
通过男女患者艾滋病窗口期症状上存在的差异，在治疗方向上也会采取不用的方法。
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