2009年秋天，随着泰国艾滋病疫苗Ⅲ期临床试验的报道见诸报端，似曾相识的一幕再度出现：一开始媒体纷纷鼓吹疫苗具有保护性效果，使人深受鼓舞，但这种情绪很快就被失望取代，因为重新分析显示，这种保护或许可归因于偶然因素。不过这次失败并未浇灭艾滋病疫苗的全部希望，反而让一些研究者重燃斗志，让他们在与这种致命疾病的抗争中看到了一些新的线索。
在泰国进行的临床试验是迄今为止最大规模的艾滋病疫苗测试，共耗资1.05亿美元，招募了超过16,000名受试者。该试验于2003年启动，2009年9月公布初步结果，表明这种疫苗(由两种已知疫苗药物ALVAC-HIV和AIDSVAX B/E按一定顺序接种而成)在统计学意义上具有轻微的保护作用。不过到了10月，包括多种统计分析结果的报告全文在法国巴黎一次学术会议上一经公布，立即引出了更大的质疑之声。确切地说，受到质疑最多的是这样一种说法??在试验进行期间，注射安慰剂的受试者中有74人感染HIV，注射疫苗的受试者中有51人感染，相比之下，疫苗感染风险降低了31.2%。然而，如果把试验一开始就已经查出感染HIV的7个人(2人在安慰剂组，5人在疫苗组)也包括进来，疫苗的有效性就下降到了26.4%。
美国加利福尼亚州拉霍亚市斯克里普斯研究所的免疫学家丹尼斯?伯顿(Dennis Burton)认为：“这一试验的前前后后还存在着大量不确定因素。”这项试验的受试者都是患病风险中等和偏低的人，比如恪守一夫一妻制的异性恋者，而不是静脉注射吸毒者这样的高风险人群。他还指出，“受试者人数较少”，因此就统计学而言，所谓的保护作用可能纯属巧合。
然而许多研究者依旧确信，这项试验提供了许多可供琢磨的数据。“这项研究贡献了更多的证据，表明艾滋病疫苗有可能研制成功，”泰国临床研究报告的合作者、美国沃尔特里德陆军研究所(Walter Reed Army Institute of Research)的杰罗姆?金(Jerome Kim)说道。(报告全文详见《新英格兰医学杂志》2009年10月刊。)他表示：“这只是我们前进的一小步，虽然不是一个全垒打，但它开启了通往未来研究的大门。”
疫苗研究的支持者还指出，默克公司STEP临床试验的失败让研究者汲取到了宝贵的教训。那项疫苗测试于2007年终止，只进行到Ⅱ期临床试验，但即便如此，也不意味着研究者又重新回到了起点。杰罗姆指出，那项试验揭示了如何才能阻止一些HIV毒株感染细胞，提供的数据还有助于解释泰国试验的结果。2009年11月发表在《美国国家科学院院刊》上的一篇论文，对半途终止的STEP临床试验进行了重新分析。这篇论文警告说，用于向人体各处递送无活性HIV毒株的那种载体［腺病毒(adenovirus)，曾在其他成功的疫苗开发中采用过］，实际上会使免疫系统在受到感染时更加脆弱，因为它们会把易于感染的T细胞召集到黏膜(mucous membrane)，而这正是性行为发生时最容易受到感染的组织。
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