蛋白酶抑制剂是艾滋病治疗中广泛使用的药物之一。通常情况下，HIV蛋白酶的形状会表明它的功能。在自我复制过程中，病毒会制成一种长的蛋白链，而蛋白酶会将其碎裂为更短的片段，以使新的HIV病毒粒子最终装配成功。
蛋白酶分子两侧生有两个剪刀样的襟翼，通过襟翼的开闭来完成从长蛋白链上分离出片段的任务。目前的HIV蛋白酶药物，即是模仿HIV蛋白酶链的某些区域(如裂解位点)的形状，与蛋白酶中空部位的活性位点绑定，从而使蛋白酶失去效能，阻止HIV产生新的传染粒子。
斯克里普斯研究所亚瑟·奥尔森实验室的研究助理亚历克斯·L·佩里曼，用计算机对一种具有多重抗药性的变异HIV毒株(V82F / I84V)的运动状况进行了模拟。结果表明，抗药性蛋白酶分子的襟翼比普通蛋白酶分子的襟翼会开放更多，且更灵活。当药物进入活性位点绑定凹槽时，要关闭襟翼就需要更多的能量，而目前的药物却无法提供这些能量。其结果是药物不会停留在绑定位点，凹槽还是会被HIV蛋白链所用，从而产生新的传染粒子。
通过模拟实验，佩里曼及同事确定了解决该问题的方法。如同控制剪刀开闭需要在剪刀柄上施力一样，佩里曼设想，新药物应该能与蛋白酶两侧的可选位点绑定，从末端抑制襟翼，给抗HIV药物以足够的帮助来关闭襟翼，使蛋白酶失效。这些化合物应该是一种“变构片段”，具有小分子结构，可转变分子的力学特性。
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