补充和替代疗法的支持者举出了几个这些疗法未能接受彻底验证的原因。一方面，大型医疗试验非常昂贵，如果没有专利的前景一般是不鼓励投资研究的。另外，可靠的、道德的实验需要大量的专业知识。而许多具有所需技能的科学家都不愿意对他们认为是不可信的治疗方法进行研究。
然而，也并不是没有这方面的研究。美国政府有一个机构（NCCAM：美国国家补充替代医学中心），专门用于研究补充和替代疗法，并在2008年拨出了近3亿美元用于这一领域（约占医疗研究联邦资助总额的1％）。国家资助的研究HIV病毒可能的治疗方法的试验包括针灸、瑜珈、自然能量疗法和远距离疗法。
虽然补充和替代疗法的医生一般都声称支持对此进行科学研究，但他们往往不愿意接受负面的结果。2005年，医学杂志柳叶刀发表了一篇有史以来关于顺势疗法的最彻底的试验报告。在对各种不同的疾病进行了100多个实验和分析之后，作者总结说，
“没有令人信服的证据表明顺势疗法优于安慰剂。”
顺势医疗论者联合起来反对这些实验和报告。有人甚至认为，以安慰剂为对照的随机试验（被视为医疗科学的黄金标准）对于他们的治疗体系来说是极其不恰当的。
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