对艾滋病阳性母亲所生新生儿的检测程序是：出生后48 时进行第一次检测，大约40%感染的婴儿可以在这个时期得出诊断，为了防止母血的污染，最好取脐带血标本进行艾滋病检测。
出生时艾滋病检测为阴性的婴儿应在14 天进行1次重复艾滋病检测，因为病毒学实验检测的敏感性在2周时大幅度增加了。仍然阴性的婴儿应该在1-2个月时进行重复艾滋病检测。出生时和1-2个月时病毒学检测为阴性的孩子应该在3-6个月时再次进行艾滋病检测。
不论年龄多大，下列情况下均可排除艾滋病感染：非母乳喂养的婴儿大于1个月时2次或2次以上病毒学艾滋病检测为阴性，4个月时1次病毒学艾滋病检测为阴性，6个月或以上时2次以上艾滋病抗体IgG检测为阴性且2次检测至少间隔1个月同时没有临床或病毒学艾滋病感染的证据。
12个月时最好做艾滋病抗体血清学艾滋病检测以确认来自母体的艾滋病抗体是否已经消失，如果以前没有2次以上确认艾滋病抗体阴性，或12个月以上艾滋病抗体仍然是阳性，15－18个月时就应重复进行艾滋病抗体检测HIV DNA PCR始终检测为阴性的孩子失去艾滋病抗体可以肯定地认为没有艾滋病感染，18个月时艾滋病抗体仍然是阳性可以诊断艾滋病感染。
根据艾滋病检测呈阳性的时间，可以大致推测发生艾滋病感染的时期，48 天或之前病毒学阳性可以认为是早期（子宫内）感染，出生后1周病毒学阴性后转为阳性的可以认为是后期（生产时）感染。
—般早期感染的婴儿比后期感染的进展更快，应给予更加积极的治疗。虽然在出生后48 天和出生后7天病毒培养和HIV RNA的水平是有差异的，但是这种差异在出生2个月时几乎消失。出生第1个月时HIV RNA的拷贝数比病毒培养的阳性能更好地预示病程的快速进展。
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