对人体来说，艾滋病病毒侵犯的是细胞免疫系统的TH淋巴细胞，造成免疫能力缺陷，最终的病人大都以出现临床症状的晚期感染表现；对病毒本身特异的抗原和抗体来说，两者的消长可说明疾病的所处状态，同时指导临床分期的诊断。
艾滋病的抗体产生时间，往往是感染艾滋病毒后4-12周才开始，已不是感染的早期和“窗口”期(指病毒抗原消失，但抗体尚未出现的一段空白时期)，而是潜伏期的指征。如果查出艾滋病病毒抗体阳性的人员，则应视为艾滋病病毒携带者。
一旦查出抗原阳性，表示已感染艾滋病病毒，这包含两层意义或往往代表两个感染的不同阶段：如果艾滋病病毒携带者感染的病毒量大，那么，病毒在TH淋巴细胞中的繁殖量亦较大，虽然此时处于病毒感染的潜伏期，但血清中可查艾滋病病毒的抗原，对首次发现的艾滋病病毒的携带者来说，可作为早期诊断的依据，另一方面，随着感染病毒时间的推移，作为艾滋病病毒的抗原不断刺激机体产生抗体，当抗体产生的量大到足以全部中和抗原时，抗原在体内的血液中是查不到的，到了潜伏期快结束时，病毒的复制又明显增多，速度也加快，此时的血清中可再次出现艾滋病病毒的抗原，相应地TH淋巴细胞的体内水平则表现显著性下降，这常指示着艾滋病病毒潜伏期的终末，艾滋病即将出现，是疾病整个过程的晚期了。
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