全国初步建立了HIV耐药基因序列库，形成了一套较完整的艾滋病检测质量保证与质量控制体系。到2007年9月底，31个省(区、市)均已开展抗病毒治疗工作，共覆盖1154个县，接受免费治疗的病人共37497人；接受治疗的艾滋病儿童累计共771名。艾滋病自愿咨询检测服务已覆盖全国，共有咨询检测点4293个，比去年增加1256个。安全套推广项目覆盖县从1327个县区增加到1874个。
全国批准的美沙酮维持治疗门诊512个，较去年新增了192个。在2001-2006年治疗传染性肺结核患者近260万名的基础上，2007年截至第三季度，共发现肺结核患者约81万名，其中涂阳肺结核患者约42万名，涂阴肺结核患者39万名；全国现代结核病控制策略(DOTS)覆盖率维持在100%，病人治愈率达92.4%，病人发现率为61.6%，年底预计超过70%目标。
2006年乙肝血清学流调结果显示：全国1～59岁人群乙肝病毒表面抗原流行率为7.18%, 较1992年的9.75%明显下降，乙肝病毒表面抗原携带者减少了2000万人，全国5岁以下儿童乙肝表面抗原携带率降至1%以下。按照世界卫生组织分类标准，我国已从乙肝高流行区国家进入中流行区国家行列。2006冬及2007年春，全国共286个地区开展了强化免疫，接种儿童约5400万，两轮接种率均达到了95%以上；有效地控制了麻疹疫情上升势头。2007年1～9月全国流脑与2006年同期相比报告病例下降30.37%；乙脑与2006年同期相比，报告病例数下降了43.83%。
此外，还进一步加强了霍乱、狂犬病、流感、布病等重点传染病的监测和防治管理，推动以传染源控制为主的血吸虫病综合防治策略的实施，启动了五岁以下腹泻住院儿童病毒性腹泻感染状况调查，积极推进重点人畜共患传染病和自然疫源性疾病防治管理工作。
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