HIV-1感染伴随着CD4+T细胞计数的进行性下降和病毒载量的增加。因此感染程度可以通过检测病人的CD4+T细胞计数和HIV在血液中的水平决定。
初次HIV感染一般发生是在感染者体液传入非感染者后发生。感染的第一阶段，即初期或急性感染，病毒快速复制，为在暴露HIV后导致外周血中出现大量病毒（通常是每毫升上百万病毒）的一段时期。这一阶段免疫应答伴随着外周血中CD4+T细胞数量显著下降。事实上，这种急性病毒血症在所有病人中都与CD8+T细胞的活化相关，CD8+T细胞活化可以杀伤HIV-感染细胞，引发抗体产生或血清转换。CD8+T细胞应答在控制病毒水平中起重要作用，良好的CD8+T细胞应答虽然不能清除病毒但却与延缓疾病进程以及更好的预后密切相关。在这段时期，大部分个体（80-90%）有发热、不舒服、淋巴结病、咽炎、头痛、肌痛和有时还会出现红疹等流感样病症。由于症状的非特异性，并且并非所有的HIV感染都会有这些症状，因此，即使病人去看医生或去了医院，也经常被误诊为具有同样症状的普通感染性疾病。因此，这些基本的症状不被作为HIV感染的诊断指标。然而，识别这些症状非常重要，因为病人在这段时期通常具有很强的传染性。
强有力的免疫应答可以减少血液中的病毒颗粒数目，并作为临床潜伏阶段开始的标志。临床潜伏期可以从2周到20年不等。在感染的早期阶段，HIV在淋巴器官中比较活跃，大量的病毒被滤泡样树突细胞（FDC）网络所捕获。富含CD4+T细胞的周围组织可以同样被感染，无论是在感染细胞中的病毒还是游离病毒都得到了累积。本阶段的个体仍具有传染性。在这期间，CD4+CD45RO+T细胞携带着绝大部分原病毒。
当CD4+T细胞数量降到一定程度时，细胞介导的免疫功能将丢失，就会发生各种机会性感染。最先出现的症状通常有缓慢而无法解释的体重下降、呼吸道感染的反复发作（如窦炎、支气管炎、中耳炎、咽炎）、前列腺炎、皮疹和口腔溃疡等。通常CD4+T细胞介导免疫应答能够控制的普通机会性感染和肿瘤便会开始侵袭患者。典型的例子是，早期对口腔念珠菌和结核分枝杆菌的抵抗消失后，可以增加对口腔念珠菌和结核的易感性。晚期，疱疹类病毒的复发加重疱疹类病毒感染，如单纯疱疹、带状疱疹、EB病毒导致的B细胞淋巴血症，或卡波西氏肉瘤（一种当HIV蛋白如Tat与人疱疹病毒-8相互作用时发生的上皮细胞瘤）等。由卡氏肺孢子虫引起的肺炎是常见的，而且通常也是致命的。在AIDS的最后阶段，感染巨细胞病毒（另一种疱疹病毒）鸟型分枝杆菌复合物感染十分常见。并不是所有病人都会发生所有这些感染和肿瘤，也会发生其它一些不十分常见但也十分重要的肿瘤和感染。
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