由于免疫系统被严重破坏，各种致命性机会感染、肿瘤等极易发生。病变可表现在肺、口腔、消化系统、心脏、肾脏、眼、关节、皮肤等已发生机会性感染者，平均存活期为9个月。肺部病变。约半数的艾滋病患者是以肺部症状为初期的表现。最常见的是卡氏肺囊虫肺炎。患者表现为持续性咳嗽等。此外，还会发生巨细胞病毒性肺炎、结核杆菌肺炎、细菌性肺炎、卡波氏肉瘤等。皮肤病变。
皮肤病变可能直接由艾滋病毒引起，也可能由于免疫缺陷所导致的机会性感染或其他原因引起。霉菌性、原虫性感染甚为常见，皮肤表征变化多端，而其复杂性恰有助于艾滋病的诊断。常表现为皮肤癣菌症、皮下结节、尖锐湿疣、局部性蜂窝组织炎、溃疡、严重的带状疱疹。35%的艾滋病人有卡波氏肉瘤，表现在皮肤上为棕色或蓝色皮肤斑，在肺、淋巴结及内脏也有卡波氏肉瘤。患卡波氏肉瘤者平均存活期为两年。
另外，艾滋病人发生淋巴瘤的危险性较正常人高100倍。口腔病变。口腔病变在艾滋病及艾滋病前期时常发生。其中以白色念珠菌感染、单纯性疱疹病毒感染、EB病毒感染、卡波氏肉瘤、淋巴瘤最为常见。消化系统病变。消化系统为艾滋病机会性感染的常见部位。侵害胃肠道的病原为阿米巴、隐孢子球虫；白色念珠菌；痢疾杆菌、结核杆菌；巨细胞病毒等，表现为较严重的腹泻，有的类似霍乱。长期持续发病，可因衰竭而死亡。感染所致的肛门慢性溃疡，可视为艾滋病的特征之一。神经系统病变。90%的艾滋病人有神经系统症状。其中艾滋病脑炎是由艾滋病毒侵入神经组织引起的，特点是进行性的认识能力受损，25%-50%的病人伴有运动及行为异常。脑病发生后从严重痴呆到死亡不超过6个月。巨细胞病毒感染、单纯疱疹病毒感染、弓形虫感染、梅毒感染等，都会造成脑炎。其他神经系统病变还有脑肿瘤、脑出血、脑梗塞、带状疱疹性神经根炎等。
心血管系统病变。艾滋病毒、巨细胞病毒、链球菌、结核菌、疱疹病毒感染及卡波氏肉瘤都可引起脑血管病变。各种机会性感染引起的心肌炎更为多见。有报告称，1982-1986年，经尸体解剖的71例艾滋病例中，竟有37例患心肌炎。内分泌系统病变。常见有胸腺、脑下垂体、甲状腺、胰腺、肾上腺等方面的病变。睾丸病变可使精子生成减少或缺乏。若发生在早期，还可见睾丸萎缩现象，从而使性欲减退。艾滋病的内分泌病变并非罕见，可有两种以上并发。肾脏病变。约10%--30%的艾滋病人有肾机能障碍，最常见者为肾小管坏死，早期为蛋白尿，晚期为尿毒症与终末期肾病变。眼科病变。症状轻微者可能仅有结膜炎，严重者会丧失视力，并可发生恶性肿瘤。艾滋病人的CD4淋巴细胞迅速下降，免疫系统严重破坏，并发各种机会性感染，病人衰竭，最终死亡。
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