黄连素是人们最常提到的必备药物了。它的学名叫做“盐酸小檗碱”，是从黄连、黄檗中提炼出来的一种生物碱。
黄连素对多种细菌，如痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌、伤寒杆菌及白喉杆菌等都有抑制作用，其中对痢疾杆菌作用最强，常用来治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病。通常每次口服0．1－0．5克，每日3次。
2003年6月，国家药监局公布了一批停用的药品，其中包括复方黄连素片和复方黄连素注射液，有媒体报道黄连素已停用，引起了很大误会。所谓的“复方黄连素”是按照地方标准生产的药物，此次停用是因为“质量不可控”，该药与我们常说的黄连素是完全不同的药物。黄连素仍收录于国家基本药品目录，使用非常安全。
黄连素口服后，几乎不被胃肠道吸收，只是停留在肠道，对抗致病的细菌。这一特性虽然使黄连素对胃肠道外的感染没有效果，但由于黄连素不被吸收入血液，所以副作用很小。科学家曾给小鼠按每千克体重8克的用量服用黄连素，24小时后尚有半数小鼠存活。如果换作是体重60千克的人，相当于每天吃上接近250克。黄连素最常见的副作用是便秘，大量应用后偶有恶心、呕吐、皮疹及发热，停药后即可消失。
需要指出的是，腹泻后若口服两三粒黄连素即可见效，大多属于非感染性腹泻或胃肠功能紊乱等疾病。对于这些与细菌无关的腹泻，黄连素毫无作用。虽然服药后常常症状缓解，但一般与用药无关。虽然黄连素很安全，但有不少人一腹泻就吃黄连素，确实很不必要。
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