《名医别录》中载：“除膀胱邪气，腰痛，止痢”。《药性论》云：“益髓，悦颜色，延年，治女人血崩，壮阳，日御过倍，大补益，主赤白下，补精败，面黑劳伤”。《日子华本草》载：“治男子绝阳不兴，女绝阴不产，润五脏，长肌肉，暖腰膝，男子泄精，尿血，遗沥，女子带下，阴痛。”
《本草经疏》曰：“煮烂顿食，治老人便燥闭结。”《玉楸药解》载“滋肾肝精血，润肠胃结燥。”而在2000年版《中华人民共和国药典》中记载，肉苁蓉“补肾阳，益精血，润畅通便。用于阳痿，不孕，腰膝酸软，筋骨无力，肠燥便秘。”
补肾男女皆宜
补肾阳是肉苁蓉的主要作用，在历代补肾壮阳的药方中，它的使用频度最高。现代药学研究表明，肉苁蓉提取物能够明显延长阳虚动物的耐冻时间，增加因应激所致性功能低下小鼠的交配次数和射精率，还可显着增加睾丸被切除大鼠精囊前列腺的重量。
肉苁蓉中起补肾壮阳作用的有效成分是苯乙醇苷类成分，如松果菊苷、洋丁香酚苷等。它主要通过2种途径起作用：其一，增强下丘脑－垂体－肾上腺功能，促进体内相关递质和激素的释放，提高性欲；其二，抗疲劳、提高身体机能作用。
另外，肉苁蓉的补肾作用与其它补肾药如淫羊藿、巴戟天等不同。其不同之处在于2点。第一，肉苁蓉补肾而不伤阴，长期服用一般不会出现上火、口干等症状，故《本草纲目》谓其“补而不竣，故有从容之号”，其意为从从容容补肾；第二，肉苁蓉补肾男女皆宜，故其既可治疗男子阳痿，也可治疗女子不孕。
由于肉苁蓉确切的补益作用，成为历代医家处方中最常用的补益药之一，被誉为“沙漠人参”。
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