各种疫苗均具有一定的保护率，由于受种者个体的差异，少数人接种后不产生保护作用，仍有可能会发病。另外，如果接种疫苗时受种者恰好已处在该疫苗所针对疾病的潜伏期，接种后疫苗还未产生保护作用，所以接种疫苗后可能会偶合发病。
注射乙肝疫苗是目前预防乙肝的有效措施。不过，许多因素可影响乙肝疫苗的预防效果，因此不能掉以轻心。例如：
1、被动吸烟
有关的调查发现，被动吸烟的儿童体内抗体水平下降较快。抗体水平下降较快后，抗体的保护效果就会减弱，因此，就容易导致儿童感染上乙肝病毒。
2、肥胖
专家认为，接种乙型肝炎疫苗后，肥胖儿童感染乙型肝炎的几率是正常儿童的3.5倍。
3、挑食
挑食的儿童常常有某些营养缺乏，使机体免疫反应功能降低，体内产生的抗体有限，因而易受乙型肝炎病毒的感染。
疫苗剂量影响接种效果
疫苗剂量对接种效果有一定影响。实践证明，小剂量每次1微克～10微克，3次的乙肝表面抗体转阳率近期观察效果相似，但远期效果不如每次30微克，特别是首次30微克的预防组。研究发现，接种乙肝疫苗后产生乙肝表面抗体的情况，还与受接种者的免疫状态、性别、年龄、种族及营养状况等许多因素有关。
1)婴儿对疫苗产生抗体和保护效果的能力比成人强而迅速；
2)年青人比老年人的接种效果好；
3)女性同剂量、相同条件接种疫苗后，乙肝表面抗体转阳率比男性要高；
4)有免疫缺陷的机体对乙肝疫苗的应答能力明显降低。
经乙肝疫苗接种后，乙肝表面抗体滴度越高，则抗体持续存在的时间越长，保护能力也就相应较长。
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