儿童肛瘘较少，但出生后3个月的婴儿，以及未满1周岁的幼儿，也常会出现肛门肿痛、化脓的情况。由于小儿肛瘘管道较为短浅，排脓后症状可很快减轻，并多数可自愈，部分患儿随年龄增长而自愈，因此，一般主张不行手术治疗。
治疗
每日清洁肛门并坐浴，适当使用抗生素及外用药膏，消炎消肿，控制和减少脓肿的发生，加速自愈。
对反复发作不能自愈的患儿，要择期至能承受手术时，再进行手术治疗，手术年龄以5～10岁为宜，对于低龄幼儿患该病的原因，以及自愈的原因，尚不明了。
根据肛门炎症、脓肿、瘘道三个不同阶段采用不同的治疗原则：
当肛门周围尚未形成脓肿，仅见皮下有炎症反应时;
可采用保守治疗，每日用温开水坐浴2—3次，适当吃些抗生素，局部可用金黄如意膏外敷等消炎、消肿治疗。
如脓肿已形成，可切开排脓，预防反复感染，由于距肛窦较近，可一次切至肛窦，可避免日后成肛瘘。
多数小儿肛瘘，可随发育生长自己愈合，所以一般不主张及时做根治手术，一旦肛瘘已形成，可等孩子稍大些，到5—10岁时再手术，可行瘘道切开术或挂线治疗。如在肛门两侧同时存在两个瘘道者，应分次行瘘道切开术，若采用挂线方法，可用胶线一次收紧即可。
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