抗菌药物特别是抗生素应用于临床后，使很多感染性疾病的死亡率大幅度降低;但同时也带来不良反应，严重者可致残或致死。人们在实际应用抗菌药物时，常常只注重其治疗作用，对不良反应注意不够，因而造成治疗的失败。
抗菌药物的不良反应主要表现在以下几个方面：
毒性反应
指由抗菌药物引起的生理、生化等异常以及组织、器官的病理改变，其严重程度一般随剂量增大及疗程的延长而增加，多属于可逆反应。毒性反应是不良反应中最常见的一种，主要表现在肾、神经系统、肝、血液、胃肠道、给药局部等。一般来说，氨基甙类、多粘菌素、万古霉素、青霉素类和头孢类抗菌素容易产生多系统的毒性反应。
变态反应
几乎每一种抗菌药物都可引起一些变态反应，最严重的是过敏性休克，大多由青霉素引起;最多见的是皮疹，各种抗生素均可引起;以发热、关节痛、荨麻疹为表现的血清病样反应则多见于青霉素和头孢霉素;万古霉素可引起红人综合症。另外，还有药物热、感光反应等。
二重感染
指抗菌药物使用过程中新出现的感染。是由于长期、大量使用广谱抗生素后，敏感菌群受到抑制而未被抑制的菌群乘机大量繁殖所致。二重感染的病原菌常对多种抗菌药物耐药，加以人体抵抗力因原发病和（或）原发感染而显著降低，二重感染常难以控制且死亡率较高。
为了预防抗菌药物的不良反应，医务人员须做到：①认真询问既往史，包含既往用药史、家族史及药物过敏史等，严格执行皮试常规;②应用任何抗菌药物前应充分了解其可能发生的各种反应及防治对策;③慎用毒性较强的抗生素，联合用药时要警惕毒性的协同作用;④避免长时期大剂量使用抗生素尤其是广谱抗菌素;⑤出现不良反应要立即采取相应抢救及治疗措施。病人则应在医务人员的指导下应用，切忌随意服用。
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