一、局部用药
增强阴道防御能力，采用肥皂棉球擦洗阴道后，可用0、5%乳酸或硝酸或1：5000高锰酸钾液冲洗阴道。合并细菌感染者，可用1：2000新洁尔液冲洗。可选用下列任何一种：滴维净片，每日1片置阴道穹窿，10日为一疗程。卡巴砷片，0、2-0、4克置入阴道后穹窿，每日1次，7-10日为一疗程。曲古霉素，每日塞入阴道内10万单位，10日为一疗程。阿沙霉素，每日置入阴道内1片，7-10日为一疗程。局部用药前，宜用0、5%醋酸液冲洗阴道，以提高疗效。
二、中药治疗
以清热，燥湿，杀虫为主，常用苦参30g，黄柏15g，茯苓30g，白藓皮30g，水煎后洗外阴及冲洗阴道，再以蛇床子，苦参各9g制成栓剂置阴道内，每日一次，10次为一疗程。
三、全身治疗
口服甲硝唑(灭滴灵)，500mg，每日2次，连用7天;或2。0单剂量服用。性伴同时治疗非常重要，亦可选用单剂量疗法。甲硝唑治疗疗效显著，但现在已从无效的病例中分离出对甲硝唑高度耐药的阴道滴虫株。由于甲硝唑 具有戒酒硫作用，故在治疗期间及治疗结束后24小时内禁止饮酒。由于甲硝唑对啮齿动物有致癌作用。对细菌也有致突变效应。慎重起见，在妊娠头3个月内不应使用，可在妊娠3个月以后，一次口服甲硝唑2、0治疗。
治疗中注意事项：治疗后滴虫检查转阴性时，应于月经净后复查，并继续在月经后用药两个疗程，以巩固疗效。凡经连续三个月复查均为阴性者为治愈。此外，应强调患者及配偶共同服药，方可彻底治愈防止复发。
发病原理
阴道毛滴虫的致病力随着虫株及宿主生理状况、免疫功能、内分泌以及阴道内细菌或真菌感染等而改变，尤其是妇女在妊娠及泌尿生殖系统生理失调时更易出现炎症。感染数天后，阴道粘膜出现充血、水肿、上皮细胞变性脱落，白细胞炎症反应。健康妇女阴道因乳酸杆菌作用，pH值维持在3、8-4、4之间，可抑制其他细菌生长，不利于滴虫生长，称为阴道的自净作用。然而滴虫在阴道中消耗糖原，妨碍乳酸杆菌的酵解作用，影响乳酸浓度，从而使阴道pH转为中性或碱性。妊娠及月经后的阴道生理周期使pH接近中性，这些都有利于滴虫繁殖，因而感染和复发率较高。
感染初期，毛滴虫对阴道上皮细胞粘附，并产生细胞外毒性因子。粘附过程除涉及到至少四种粘附蛋白(2-65KD)的参与外，还与毛滴虫的阿米巴样变形有关，已报道毛滴虫分泌的毒性因子包括：细胞分离因子，两种半胱氨酸蛋白酶(30KD和6KD)，以及一种溶血毒素。溶血作用可能是滴虫与红细胞直接作用的结果。
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