感染的诊断要依据病史、临床表现和实验室检查结果而定。有不洁性交史，而且在生殖器部位出现皮肤红斑和原发性水疱，易复发等不难诊断。必要时可作疱液涂片，培养、接种、免疫荧光检查。血清免疫抗体测定等，均有助于诊断和确定病毒类型。
一、细胞学方法
对皮损刮片做Wright-Gemsa （Tzanck试验）或Papanicolaou染色，可检出HSV感染特征的巨细胞包函体，但不能区别HSV感染或水痘 — 带状疱疹病毒感染，敏感性仅为病毒分离的60%。
二、培养法
从水疱底部取材做组织培养分离病毒，为目前较敏感、最特异的检查方法，需5-10天，因其技术条件要求高，价格昂贵，不能普遍使用。
三、抗体检测
目前最广泛的是HSV-2抗体检测，如蛋白印迹法也可用gD2作抗原检测HSV-2抗体，具有敏感性，且能区分HSV-1和HSV-2的优点。
四、基因诊断
（一）用PCR分型检测单纯疱疹病毒
PCR是一种敏感性高，特异性强的快速检测方法，标本中含有1fg HSV-DNA就可以检出，其在HSV感染的诊断研究中发展较快，且分型检测HSV是发展的趋势。
1、标本采集和处理
（1）标本采集
①脑脊液：直接无菌采取患者0.5ml脑脊液标本于无菌试管送检。如肉眼可见血色，应离心取上清。
②羊水及婴儿血清： 同上，应避免溶血
③脑组织： 脑组织尸检、活检标本， 加1ml PBS标本缓冲液研磨后，待检。
④眼及皮肤病灶分泌物：用预测（半干）棉拭子直接取患处分泌物， 置1ml PBS标本缓冲液中送检。
⑤生殖器（宫颈、阴道、外阴、阴茎）标本：先用消毒棉拭子擦去病变部位表面粘液、污垢，再用预潮棉拭子用力擦拭患处分泌物，置1ml PBS标本缓冲液中送检。
（2）标本处理
①预处理：所有液体标本均可直接进行模板制备;可以取100μl标本液，离心5000 r/ min×5min后，去上清，取沉淀物进行模板制备。
②模板制备：a： 蛋白酶K消化裂解法：沉淀物加100μl蛋白酶K消化裂解液，55℃1 h后，煮沸10 min，离心5000 r/ min×5min，收集上清。 b： 水煮法：沉淀物加100μl蒸馏水，摇均水煮20 min，离心5000 r/ min×5min收集上清。c： 1%Triton X-100裂解法：取采集的标本液100μl，加入1μl Triton X-100，水煮20 min，5000 r/ min×5min，收集上清。d： 5%NP-40裂解法：取采集的标本液100μl，加5μl NP-40，水煮20 min ，5000 r/ min×5min收集上清。e： 如标本溶血严重经上述裂解处理后，再加等体积酚-氯仿抽提、冷乙醇沉淀DNA，加10μl DW溶解待检。
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