1.Ⅱ型单纯疱疹病毒产生耐药，发病后复制快速。传统治疗采用阿昔洛[FS：PAGE]韦、明竹欣等抗病毒药物，以及抗干扰素、胸腺肽免疫制剂，早期有一定效果。但现在病毒种群复杂多变，在长期的抗病毒过程中逐渐被病毒适应，使得治疗效果更加不理想。并且药效发挥缓慢，即使在血液中形成有效浓度，它对病毒的杀灭作用比不上病毒复制速度。给机体对病毒的杀灭和药物治疗带来很大难度，是当前反复难愈的一个重要因素。
2. 不规范科学的治疗，抗生素的滥用，加重临床治疗难度。疱疹病毒本身就是一种很难杀灭的病毒，不合理规范的治疗给病毒在体内的依附和复制提供可趁之机，进一步加剧了病毒耐药性的产生，病毒种群变的多样化和复杂。同时对抗生素的不规范使用，影响身体的免疫机能，内分泌体液免疫机能等系统的作用，并且也会使得抗生素耐药，给疾病的康复和后续的治疗带来新的困难，制约和影响着疾病的整个康复过程。
3.Ⅱ型单纯疱疹病毒特殊附着性，使得传统治疗很难攻克。生殖器疱疹的致病病毒、Ⅱ型单纯疱疹病毒（HSV）潜伏于神经节内，麻痹机体免疫调节机能，在机体各项免疫机能正常时时蛰伏待机，当机体调节机能紊乱，因炎症等免疫功能低下时，病毒迅速激活，危害组织器官，在治疗上药物很难从神经节内清理病毒，治疗同时对自身的损伤也较大。
4.Ⅱ型单纯疱疹病毒极具伪装性，诱导机体防御功能失常。临床表明Ⅱ型单纯疱疹病毒变异后可进行自我伪装，让机体无法识别，或者释放假信号避免药物和免疫系统对它的杀灭作用，给治疗带来很大不变，即使治疗也可能是暂时性的一种假象，很容易再次复发。
5.生殖器疱疹发病多合并其它疾病，临床治疗中易被忽视。在临床实际治疗中，生殖器疱疹往往不是单独发病，一般都是在其它炎症或隐性感染后发病。而在实际治疗中大多被忽视，这样给复发和病毒转移提供了客观因素。
6.传统治疗是把双刃剑，杀灭病毒与“元气”损伤成正比。由于病毒的特殊附着性，伪装性，复制和变异等特点，药物的治疗不但难度大，而且对于抗病毒类化学药物而言，它对身体的副作用特别大，在一定区间内它对病毒的杀灭效果和对机体生理机能的损伤是成正比的。在这种情况下，机体免疫系统的负担和压力也在增加，不但要杀灭病毒，而且要应对自身新的损伤，这是传统治疗当前还不能很好客服和避免的难题之一。
7.康复护理不当日常中存在自身接种感染或再次感染。少数康复患者体内神经细胞节内残余有病毒变异珠，当生病、发热、酗酒、劳累等情况下免疫力低下时，潜伏的病毒重新复活繁殖，复制出新病毒，又沿神经轴返回皮肤黏膜引起新的疱疹。也有一部分患者因不注意个人卫生，没有对沾有病菌的衣裤、日用品及时消毒处理及性伴没有及时检查治疗而再次传染上导致反复发作。
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