本病常无自觉症状，部分病人可出现局部疼痛或瘙痒。偶尔可转化为鳞状细胞癌。男性患者的主诉可有瘙痒、外伤摩擦后出血、以及大的疣体继发感染后有恶臭。
临床常见的损害有丘疹、角化性斑块、乳头样或菜花样赘生物，散在或融合，同一患者常有多种表现。颜色从粉红到灰白色，取决于单个乳头毛细血管的充盈状态。大小不等，单个或群集分布，质地多数较软且易发生糜烂渗液，触之易出血。好发部位是冠状沟、包皮、龟头、系带、尿道口、阴茎体、肛周和阴囊。根部常有蒂，皮损裂缝间常有脓性分泌物郁积其中，致有恶臭，且每因搔抓而引起继发感染。由于不断受到局部潮湿与慢性刺激的作用，往往迅速增长。
由于男性尖锐湿疣血管丰富，容易出血，有些病人往往是由于性生活后或用力后尿血来就诊，一般无疼痛等自觉症状。
尿道内尖锐湿疣通常无症状，但脆性损害可引起血尿，很大的疣体则会引起尿路梗阻。
发生于肛门部位的尖锐湿疣比较容易和痔疮混淆，常常多发。初起时为多数丘疹，以后疣体呈赘状生长，可呈大的有蒂菜花状，更多见扁平、表面有小乳头的斑块状。由于继发感染，分泌物常有难闻的臭味。个别病例病变可出现在肛门的粘膜上皮。发生在肛周的，应注意询问有否同性恋，肛交史。
乳头样或菜花样疣主要发生于潮湿部位，如包皮腔、尿道口和肛周。圆形丘疹疣主要位于干燥部位，如阴茎干及有毛的会阴部，颜色可呈肤色或有色素沉着。扁平角化斑块疣无蒂，表面粗糙，略高于皮面，有程度不一的色素沉着。
巨大尖锐湿疣是尖锐湿疣的一种特殊形态，可以拳头大小，表面呈菜花样，因继发感染，分泌物常有难闻的臭味。好发于男性尖锐湿疣的包皮粘膜面及龟头。巨大型尖锐湿疣实质是一个疣状癌。病理为低度鳞状细胞癌的改变，虽然它极少发生转移，但损害可向深部穿透。
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