一、治疗方法的选择
（一）男女两性在外生殖器部位所见到的疣体，如果单个疣体直径《5mm、疣体团块直径《10mm、疣体数目《15个，则外用药物治疗。
（二）男性尿道内和肛周，女性的前庭、尿道口、阴道壁和子宫颈口的疣体，或男女两性的疣体大小和数量均超过上述标准者，建议用物理方法治疗。
（三）物理疗法治疗后，体表尚有少量疣体残存时，可再用外用药物治疗。
（四）无论药物治疗或物理治疗，必需作醋酸白试验，尽量清除疣体损害，以减少复发。
二、外用药物
（一）0.5%鬼臼毒素酊 是首选的药物。方法是将药液涂于疣体上，每天用药2次，连续3天为一个疗程。如果疣体没有脱落，则在休息4天后作第二疗程治疗，可连续用药三个疗程。不良反应主要是局部疼痛，红肿，没有发现全身性不良反应。孕妇禁用。
（二）10%～25%足叶草酯酊 由于毒性较大，已逐渐被其提纯产物0.5%鬼臼毒素酊所代替。每周一次，每次用药药量不应超过0.5ml，1～4小时后将药液洗去；用药6次未愈应改用其它疗法。孕妇禁用。
（三）三氯乙酸溶液 浓度从30%～80%不等，这是一个化学腐蚀剂，应由有经验的医护人员使用，不宜交患者本人使用。每日一次，将药液直接涂于皮损上，用药6次未愈应改用其它疗法。
（四）2.5%～5%氟尿嘧啶软膏 主要作用为干扰并抑制RNA的合成。外用每天1～2次，至疣体脱落，若周围正常皮肤黏膜出现红肿、糜烂，则应暂停使用。
（五）5%咪喹莫特（imiquimod）乳膏 咪喹莫特属于非核苷类异环胺类药物，外用可通过诱导机体产生干扰素（IFN）、肿瘤坏死因子（TNF）和白介素（IL）等细胞因子，发挥免疫调节作用，主要用于治疗HPV感染引起的外生殖器和肛周尖锐湿疣。本品一般在日常入睡前使用，隔日1次，疗程可达16周。咪喹莫特并不会破坏皮肤组织，但在外用部位可引起红斑、糜烂、水肿、剥脱、鳞屑和瘙痒、灼热感等轻、中度的刺激。
（六）干扰素 部外用干扰素通过刺激T细胞及对病毒的抑制作用而起到治疗效果，对小的尖锐湿疣有一定效果。外用的优点是药物无刺激性，局部不会出现红肿、疼痛等不良反应。缺点是起效较慢，需连续外用4～6周。亦可局部注射，但疼痛较著且需多次治疗，不易为患者所接受。局在尖锐湿疣以较为快捷的方法治疗后，可外涂干扰素软膏，一则对亚临床感染的损害起治疗作用，二则可起预防复发的作用。
二、物理疗法
（一）液氮冷冻 用棉签浸蘸液氮后，稍加压放置于皮损上数秒钟，如此反复多次。每周1次，一般需数次治疗。不良反应有局部水肿，可持续数天。
（二）二氧化碳激光 适于疣体较小的病例。在女性宫颈口、男性尿道口的尖锐湿疣难以外用药，可采用二氧化碳激光治疗。
（三）光动力学治疗（PDT） 方法是将新鲜配制的20%ALA溶液持续外敷于患处3小时，然后用150mJ/cm2的氦-氖激光连续照射20～30分钟。间隔1～2周治疗一次，一般1～3次可治愈。治疗尿道口尖锐湿疣获得98%以上的治愈率，而且复发率很低。
（四）电灼 适于有蒂、大的尖锐湿疣。当尖锐湿疣呈菜花或疣赘状生长时，基底常形成蒂，此时先以电灼法在蒂部作切割是理想的治疗手段，剩余的损害可采用冷冻、激光或药物等治疗。
（五）手术 适于大的尖锐湿疣。以手术方法将疣的主体切除，等伤口愈合后采用局部药物或冷冻等手法。有的患者包皮过长，建议作包皮环切术。
三、系统治疗
（一）干扰素 100万U至300万U皮下或肌肉注射，隔日或每周注射2次。有一定效果。免疫功能低下的尖锐湿疣患者可以选用。
（二）左旋咪唑 鉴于部分尖锐湿疣患者的细胞免疫功能低下，故而采用本药，有口服及外用二种。口服每天3次，每次50mg，服用3天，停11天为一疗程，可连续服用数个疗程。外用系将左旋咪唑溶液涂于左前臀屈侧。
（三）其他免疫调节剂 如转移因子等。
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