在某些自然的或实验条件下，HPV病毒诱发的尖锐湿疣虽具有转化为癌的倾向，然而这种转化率病不高，不是所有的HPV感染者都会进展为癌。对于大多数患者而言，这种转化还需要其它辅助因子的存在，例如吸烟、化学物质、宿主因素（例如HIV感染）和环境协同因素等，均对尖锐湿疣转为恶性肿瘤有致突变及启动作用。从临床情况而言，尖锐湿疣的癌变趋向可能与以下几种因素有关：
1、免疫功能降低或身体衰弱时的人体易患尖锐湿疣，而癌症的发生也与免疫功能有关，加上某些原因激活癌基因、免疫状态改变和某些致癌物质作用，或皮损融合成片，长期不愈，形成溃疡，浸润糜烂，有继发感染等慢性刺激，最终发生细胞突变而转化为癌。
2、机体免疫功能下降，复发率高，采取多种有效治疗措施，仍不能有效控制复发的皮损，可能向恶性化发展。
3、肛门、直肠及肛周等部位的巨大尖锐湿疣是高度进展性肿瘤，具有复发和恶变特性，尤其是向皮肤深层浸润生长时，恶变的可能性更大。
然而一般尖锐湿疣患者，都是早发现早治疗，不会发展成巨大尖锐湿疣;并且没有合并其他慢性免疫性疾病，免疫能力并不是非常低下;不是长期激光强烈刺激或冷冻刺激局部，也不会形成皮损长期不愈、溃疡、浸润糜烂、和继发感染等慢性刺激。所以是可以避免癌变侵向的刺激因素的。
就女性而言，一般只有感染了高危型的HPV，宫颈癌及宫颈上皮内才有可能发生高度病变或者癌变。但是，HPV的感染、潜伏是一个长期的过程，它可以潜伏在细胞内若干年。从HPV感染发生病变到发展成宫颈癌，中间有大约10年左右的时间，在此期间只要妇检做防癌筛查，都可以查出癌前病变，及时治疗，避免悲剧的发生。
另外，有资料显示，在对一组442例尖锐湿疣患者组织学观察结果表明，患鳞状上皮增生93例占总术的21%，上皮不典型增生31例占总数的7%，鳞癌变2例占总数的0.45%。就像吸烟会诱发癌症一样，吸烟的人都知道这一点，但却并不在意，甚至连戒烟的想法也没有。因为吸烟会致癌，我们可以通过常识会判断这个比例是多少，心里会有一个大致清析的概念，所以就不怕了。而尖锐湿疣这个病如果没有一个正确客观的认识，本身就让人心理紧张，再加上不良医院、媒体的误导，又不敢到正规医疗机构就诊咨询，所以一听到尖锐湿疣就联想到癌变了。
尖锐湿疣是可以诱发癌变，但这个比例非常低。这和吸烟会导致癌变的比例都很接近。绝大多数尖锐湿疣并不会癌变。因此，尖锐湿疣患者不必为此而整天担心忧虑，更不要心理过于恐慌。只要积极科学的治疗，就一定可以康复的。
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