好发于男女生殖器及肛周。男性以冠状沟及包皮系带周围最为常见，也可见于阴茎、包皮、龟头及尿道口等部位。
患者大多为处于性活跃期的中青年。发病前多有不洁性接触史或配偶有感染史。潜伏期1～8个月不等，平均3个月。临床上偶可见儿童发病，一般系通过接触污染的用具如毛巾等而传染。
一、典型损害 初发损害为小而柔软的淡红色丘疹，针帽或米粒大，逐渐增大，且数量逐渐增多，成为乳头瘤样、菜花样、鸡冠样或蕈样的赘生物，表面高低不平，质地柔软。如不及时治疗，疣体将逐渐增大，有的成为大的菜花状，基底有蒂；有的彼此融合，成为大块状，淡灰色，表面呈乳头瘤状，可以有糜烂、溃疡、有分泌物，因继发感染可致恶臭。患者一般无自觉症状。
二、几个特殊部位的尖锐湿疣
（一）男性尿道口 尿道口的疣状赘生物，表面可以是光滑的也可呈乳头瘤样，颜色潮红，表面湿润。检查时需将尿道口的黏膜充分暴露，方能见到疣体。有时HPV病毒可沿尿道逆行向上，造成尿道上皮的感染，此时需作尿道镜检查。尿道口虽不是尖锐湿疣的好发部位，但治疗困难，且容易复发。
（二）女性宫颈 宫颈口上皮是从阴道复层鳞状上皮向宫颈管柱状上皮相移行的部分，虽不是尖锐湿疣的好发部位，但一旦为HPV16、18型所感染，上皮细胞多易发生非典型增生，乃至发生侵袭性癌。宫颈上皮感染多见亚临床感染，以3%～5%醋酸溶液浸湿的纱布敷在局部，以阴道镜检查损害更为清晰易见。
（三）肛门周围 肛周皮肤多皱褶，且行走时多摩擦，因此一旦发生尖锐湿疣常常多发。初起时为多数丘疹，以后疣呈赘状生长，可呈大的有蒂菜花状，更多见扁平、表面有小乳头的斑块状。由于继发感染，分泌物常有难闻的臭味。个别病例病变可出现在肛门的黏膜上皮。发生在肛周的，应注意询问有否同性恋，肛交史。
（四）口唇及咽部黏膜 偶可发生在口腔及咽喉部黏膜上皮，表现为小的、潮红、柔软、表面呈乳头状的疣状赘生物。可发生在口交者。
三、巨大型尖锐湿疣 是指形状巨大的尖锐湿疣，可以拳头大小，表面呈乳头瘤状，因继发感染，分泌物常有难闻的臭味。好发于男性的包皮黏膜面及龟头，偶也可见于肛周及女性阴道。巨大型尖锐湿疣实质是一个疣状癌。病理为低度鳞状细胞癌的改变。虽然它极少发生转移，但损害可向深部穿透。在男性可侵及尿道，产生许多窦道，从中排出脓液及尿。
四、亚临床感染 是指上皮细胞已经受到HPV感染，但尚无出现肉眼可见的变化。亚临床感染可以通过醋白试验清晰地显示出来。
五、HPV病毒携带者 采用敏感的分子生学技术即聚合酶链反应（PCR），从尖锐湿疣患者的配偶或性伴侣的外阴部或阴道拭子标本中提取的DNA作模板，进行扩增，发现有相当比例的配偶或性伴侣HPV检出阳性。他（她）们临床上既无尖锐湿疣的损害，也无亚临床的感染，可以说是HPV携带者。
六、冰山现象 泌尿生殖器部位上皮感染HPV后，可表现出一个相当宽的谱状表现。从毫无临床及显微镜下改变的HPV携带者；到出现显微镜下改变，但无内眼可见改变的亚临床感染；到出现肉眼可见典型临床改变的尖锐湿疣损害。事实上，在临床上出现典型尖锐湿疣表现只是受染HPV人群中的一小部分，绝大多数处于HPV携带者或亚临床感染的状态。有的学者将其称之为冰山现象，即临床上出现典型尖锐湿疣表现的人数就如同浮动在大洋中冰山露出水面的那一小部分，而巨大的冰山主体即HPV携带者及亚临床感染者则还隐藏在水面之下。
生殖器上皮感染HPV后是否出现临床表现主要取决于HPV的类型，感染的部位及机体的状态，尤其是细胞免疫的状态。如前所述，有20余个HPV亚型可引起尖锐湿疣，主要是HPV6、11、16、18及33型。双方性接触时易受损伤的男性包皮系带旁，冠状沟，女性后联合为临床上最易出现损害的部位。机体免疫功能有缺陷，尤其当细胞免疫功能有缺陷者，如长期服用糖皮质激素或免疫抑制剂者易发生尖锐湿疣，且疣体生长速度较快。
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