不正确治疗方法导致尖锐湿疣反复发作。
许多尖锐湿疣患者发现有赘生物(疣体)长出时，就用手撕掉或用剪刀剪掉，或者用腐蚀性的药物将其腐蚀掉，但过不了多久，就又有新的疣体长出来了，再去掉再长，如此反复，疣体就像有个“根”长在皮肤里，去掉了表面的疣体，却去不了疣体下面的“疣根”，用患者的话说就像“割韭菜”一样，割掉一茬又长出新的一茬，让众多的患者为之苦恼和困惑!这种接近100%的复发率真的让人感到尖锐湿疣是有根的。那么尖锐湿疣真的有根吗?
临床发现，那些用手撕掉或自己用剪刀将疣体剪掉的患者，因为很难区分疣体和正常皮肤组织，只是单纯的将疣体的一部分去掉，这种情况下依然有残留的部分疣体及病毒存在，这必然会导致尖锐湿疣的复发。而采用腐蚀性药物治疗的患者，由于药物使用过程中产生的疼痛，往往因难以忍受而不能坚持治疗，导致治疗不彻底反复复发。
尖锐湿疣是否复发在很大程度上取决于病毒的清除程度。
临床上所采取的各种物理方式都能有效的去掉表面的疣体，但不能准确到达疣体的根部，对无症状感染区域的病毒也无法准确的识别清除，增加了复发的可能性。而合适的外用药物，由于对hpv感染导致的空化的病变细胞有较强的亲和力，所以可以渗透性的优先作用于病变细胞，疣体便容易整体的脱落，大大的减少了残留病毒的数量，在一定程度上避免了物理方式治疗时某些方面的不足，相应的复发率也会明显的降低。
著名的医学专家、前常委会副委员长、中国泌尿外科奠基人之一的吴阶平院士在《泌尿外科学》里关于尖锐湿疣病毒的存在部位提到“与感染者发生性接触，hpv通过皮肤或粘膜的微小损伤进入接触者的皮肤粘膜，hpv刺激表皮基底细胞，发生分裂，使表皮产生增殖性损害。只在表皮颗粒层及其上部的细胞中可检测到hpv dna及病毒颗粒。” 吴阶平院士的这段话的意思也就是说病毒从感染部位进入后，只在感染部位的皮肤的表皮层(也就是表皮颗粒层及其以上的细胞)中生存，在其他部位是不能检测到该病毒颗粒的，这也说明了病毒存在部位的局限性，它感染后不会入血，更不会到达全身各处。
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