黄连素的通用名叫盐酸小檗碱，是从黄连、黄柏等小檗科植物中提炼出来的一种抗菌性生物碱，黄连素能对抗病原微生物，对多种细菌如痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌、伤寒杆菌及白喉杆菌等都有抑制作用，其中对痢疾杆菌作用最强，常用来治疗细菌性胃肠炎、痢疾等消化道疾病，系治疗腹泻的有效药物，常作为居家旅行的常备药物，但人们却没有认识到黄连素是一种抗菌素，对腹泻不加区分地胡乱服用，有害于健康，在抗菌素滥用的今天，重新认识黄连素、准确应用并严格管理使用是十分有必要的。
现代医学研究发现：在人的肠道内共生着600余种、100万亿的庞大菌群系统。离开它们，人类就不能健康地生存，因为它们能合成供给人体自己所不能合成的各种必需维生素，能合成供给人体肠黏膜再生和修复所必需的短链脂肪酸如丁酸，特别重要的是这些肠道微生物还是构成肠淋巴免疫系统的重要成员，而肠淋巴免疫占人体免疫功能系统的70%，长期滥用黄连素将对上述系统造成不可估计的损失。
腹泻的原因众多，总体可分感染性和非感染性腹泻，感染性腹泻多呈急性腹泻;非感染性腹泻，多呈慢性腹泻。黄连素只适用于感染性腹泻。胃肠感染表现可轻可重，轻者仅腹痛、腹泻，重者会有恶心、呕吐、发热寒战、食欲不振，严重时导致脱水、酸中毒、休克。一般而言，对轻型炎症可以选用黄连素，但也根据炎症的控制情况，适量适时运用，对于重型则必须合用抗感染作用强的抗菌素。
目前所认识的疾病如肠易激综合征、溃疡性结肠炎、营养不良、内分泌疾病、过敏性疾病等，都可以导致慢性腹泻，对这种非感染性的腹泻，黄连素不仅无用而且有害。肠道健康的保卫者——肠道菌群将遭到破坏，日久可导致肠道菌群失调，特别是肠道产丁酸菌匮乏后，将造成肠黏膜再生修复障碍、黏膜渗透性增加，肠道的选择性吸收功能将会降低或丧失，从而使大量的病原菌或有害物质得以乘机进入，进一步引发炎症和免疫功能紊乱，轻者引发腹泻、肠易激综合征，长期久治不愈将引发肠癌及肠病并发症等。
黄连素是化学合成药物，不是中成药，对于中医辨证为脾胃虚寒型的腹泻，黄连苦寒，反而易伤脾胃，损害胃肠功能，更易出现胃痛、恶心等消化系统症状，加重病情。
因此，对于不明原因的腹泻不能随意服用黄连素，最好能根据医院粪便、血液检查情况选用，一般性腹泻1-2次无其他伴随症状，由饮食不节、水土不服等因素引起，保持清淡饮食，人体即可自行恢复，但反复发作就要查明原因了。
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