小孩子的便秘大都属于功能性便秘，因此小儿便秘并不是什么特殊疾病所导致，更多是由于一些日常生活中的不良因素所致，这些因素包括几下几个方面——
1. 进食量不足，食物余渣少而致大便量及次数减少;如长期进食不足导致营养不良，则可使腹肌和肠道收缩力减弱而加重便秘。
2. 食物成分与大便性质关系密切，食物中碳水化合物不足，易使大便干燥;碳水化合物中米粉、面粉类食品较谷类食物易于便秘;小儿偏食，喜食肉类而少吃或不吃蔬菜，食物中纤维素太少，也易发生便秘。
3. 生活不规律和缺乏按时大便的训练，未形成排便条件反射导致便秘也很常见。儿童因无清晨大便的习惯，时常憋住大便也是导致便秘的常见原因;排便时注意力不集中，久而久之失去便意可致数日不排便。
4. 遭遇突然的精神刺激，导致情绪差、焦虑或抑郁会影响正常排便;环境和生活习惯的突然改变也可引起短时间的便秘。具体影响因素包括家庭不和、父母离异、搬迁新居、转学、面临考试或升学等，有学者称之为精神性便秘。
5. 缺少体力活动，或患慢性病如营养不良、佝偻病等，因肠壁肌肉乏力、功能失常而发生便秘。使用某些药物，如常用泻剂、服用某些抗惊厥药等可使肠蠕动减少而发生便秘。
6. 少数小儿的便秘可能与遗传也有关系，这类小儿除便秘外，其他生理功能与正常儿童无差别，似乎生来就有便秘倾向，其家族也有便秘史，有学者称之为素质性便秘。
除了上述因素，要注意的是，少数小儿便秘也可能是由于其他病变或生理结构异常引起的，例如，肛门裂、肛门狭窄、先天性巨结肠、甲状腺功能低下等都可导致便秘。
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