预防食管癌的发生无疑是控制食管癌的最根本措施，根据食管癌发生发展的多阶段性，即启动、促进、演进阶段，从病因学、发病学和临床医学演进的观点出发，预防食管癌的发生发展分为三级预防。
1.一级预防
一级预防即病因学预防，是降低食管癌发病率的根本途径，与流行病学研究和病因学研究的进展密切相关，这是最理想的方法，但困难很大，目前还很难全面开展。
(1)改变喜食霉变食物的习惯：目前已有充分证据说明食用霉变食物特别是酸菜、霉窝窝头和鱼露是食管癌发病的重要因素之一，因此应大力宣传这类食品对人体健康的危害，使群众少吃或不吃，同时鼓励种植蔬菜和水果，以增加鲜菜和水果的摄入，补充维生素C。霉变的食物，一方面产生霉菌毒素或代谢产物，一方面促进亚硝胺的内合成，是导致食管癌的主要病因，多吃新鲜蔬菜或补充维生素C可阻断体内亚硝胺的合成，可使胃内亚硝胺含量降低，从而降低了胃内亚硝胺的暴露水平。另外林县的营养预防试验发现，补充核黄素和烟酸能降低食管癌的发病率15%。同时也应积极研究科学的酸菜制作和保存方法，以满足当地居民世代以来养成的传统饮食习惯。
改变不良饮食习惯，不吃霉变食物，少吃或不吃酸菜。改良水质，减少饮水中亚硝酸盐含量。推广微量元素肥料，纠正土壤缺钼等微量元素状况。应用中西药物和维生素B2治疗食管上皮增生，以阻断癌变过程。积极治疗食管炎、食管白斑、贲门失弛缓症、食管憩室等与食管癌发生相关的疾病。易感人群监视，普及防癌知识，提高防癌意识。
(2)粮食的防霉：霉变的粮食含有多种致癌的毒素，因此积极开展粮食的防霉去毒工作非常重要，特别是应宣传家庭储粮的防霉的重要性。一般粮食的含水量在13%以下可达到防霉的要求，一旦发现粮食已经霉变，应采取勤晒，食用时挑拣，多次清洗并加碱处理，可有效减少霉菌毒素的摄入。
(3)加强饮用水的卫生管理：现已发现食管癌高发区水中的亚硝胺含量明显高于低发区。因此搞好环境卫生，防止水源污染十分重要，逐渐减少饮用沟塘水的地区，推广土自来水。对食用的沟塘水也应进行漂白粉消毒，可明显降低水中亚硝胺含量和杀灭其他传染病菌。
(4)遗传致病因素的预防：食管癌具有较普遍的家族聚集现象，表明有食管癌家族史的患癌易感性确实存在，应加强同代人群的监测工作。患者为男性，就加强男性监测，特别是49岁前的人群，患者是女性，加强女性监测，特别是50～69岁的人群，并且应把3代人中发生过2例或2例以上食管癌死亡的家庭，当作危险家庭，对这些家庭中40～69岁的成员当作风险人群，定期体检，提供预防性药物或维生素，劝导改变生活习惯等，对降低食管癌发病具有一定的积极意义。
2.二级预防
对于食管癌，当前要完全做到一级预防是不可能的。由于食管癌的发生、发展时间较长，如能做到早期发现、早期诊断并予以及时治疗，特别是阻断癌前病变的继续发展，是当前现实可行的肿瘤预防方法。
(1)普查：将高发区年龄在35岁以上，有食管癌家族史，或存在食管上皮增生的患者定为高危人群，予以重点监测，并且对食管癌高发区35岁以上居民尽量予以普查。普查以食管拉网细胞学检查为主，发现可疑患者，应尽快进行内镜检查，以达到早期诊断的目的。对食管癌的早期表现，如“吞咽不适感”应使高发区广大人群所熟知，可提早患者的就诊时间，以便早日诊断和治疗。
(2)癌前病变的药物预防：食管癌的癌前病变主要指食管上皮重度增生，用抗癌乙Ⅲ片(山豆根、败酱草、白藓皮、黄药子、夏枯草、草河车六味药组成的抗癌乙片内加2mg 5-氟尿嘧啶)、抗癌乙片和太洛龙治疗食管上皮重度增生，未治疗组癌变率为7.4%;治疗组癌变率：抗癌乙Ⅲ组为2.5%，抗癌乙片组为1.4%，太洛龙组为2.3%，均较未治疗组有显著差异且恢复正常者亦多于未治疗组。
中国科学院1983年起，在食管癌高发区河南林县河顺乡和安阳县磊口乡，进行食管癌前病变的阻断性治疗研究。通过食管细胞学普查，检出食管上皮重增患者2531人，随机分为三组，分别服用抗癌乙片、维胺酯和安慰剂。检出轻增3393人，随机分为二组，分别服用核黄素和安慰剂。3年和5年内患者的服药率在90%以上，服药3年和5年后，进行了食管细胞学复查，结果证明。抗癌乙片使食管重增的癌变率下降了52.2%，达到了预定的目标。维胺酯和核黄素也显示有一定的阻断作用，分别使食管重增和轻增的癌变率下降37.3%和22.2%，并发现适当提高维胺酯的服用剂量，可明显提高其防癌作用。核黄素服用5年后，使食管轻增的癌变率下降34.8%，比服药3年后轻增的抑制率22.2%，增加56.8%，说明核黄素服用愈久，抑制轻增癌变的作用愈明显。实验所用抗癌乙片是由六味中药制成，是我国独有、价格低易于推广。维甲类化合物是目前根据最充分和最有希望的一类肿瘤预防药。维胺酯作用强，毒性低，有很好的预防效果。核黄素是人体必需的维生素，如能进一步确证其防癌效果，则具有深远意义。
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