一、咽部疾病引起的咽痛：各种咽部黏膜的感染的感染性炎症刺激和压迫痛觉神经末梢，导致咽痛。常见疾病如急、慢性咽炎，急、慢性扁桃体炎，疱疹性咽炎，舌扁桃体炎，扁桃体周围脓肿，咽旁和咽后脓肿，急性会厌炎，咽结核等。
急性炎症咽痛明显，慢性炎症则咽痛较轻，或无咽痛。另外，咽部的非感染性因素，如异物、外伤、肿瘤溃烂、茎突过长、舌咽神经痛。
二、邻近器官疾病引起的咽痛：属于反射性咽痛。口腔牙齿、牙龈的炎症，鼻炎、鼻窦炎，喉部炎症、结核，劲部动脉鞘炎，纤维组织炎，淋巴结炎，甲状腺炎，劲椎病，食管炎、食管上段异物等，均可引起不同程度的咽痛。
三、全身性疾病引起的咽痛：在一些全身性疾病中，咽痛为其局部症状之一，常见病有单核细胞增多症、粒细胞白血病、急性白血病等血液病，流感、流脑、麻疹、猩经热、伤寒等传染病，风湿病，痛风等。有些妇女在月经前3~4天内也出现咽痛或灼热感，这与雌激素水平过高有关。
警惕特殊的咽痛寰枢半脱位由于急性咽炎、急性扁桃体炎治疗不当，细菌感染引发的炎症渗出物累及寰枢关节内，引起其支持韧带的松弛，容易导致关节脱位，寰枢关节系头颅与最上面2块劲椎骨的连接处，脊髓通过关节位置入颅，其功能的重要性不言而喻，该关节一旦全脱位，后果堪忧。
如治疗不当，日久可发生永久性头部畸形和劲部僵直。 心肌梗死咽喉疼痛是心肌梗死的伴随症状之一，耳鼻喉科医生在见到以咽喉疼痛为首发症状的患者时，一定要想到患心肌梗死的可能。
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